Mardiyyah/BioHackathon_25_IOB_V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 1 168	tags listlengths 1 168
[ "Serum", "concentration", "of", "FFAs", "was", "measured", "using", "a", "HR-NEFA", "kit", "(", "WAKO", ")", ",", "as", "described", "previously", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]
[ "TAGs", "in", "serum", "were", "determined", "using", "the", "DiaSys", "Triglycerides", "FS", "kit", "(", "DiaSys", "GmbH", ")", ",", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lipids", "from", "adipose", "tissue", "were", "extracted", "using", "a", "two-step", "chloroform/", "methanol", "procedure", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Samples", "were", "analyzed", "by", "direct", "infusion", "on", "a", "QExactive", "mass", "spectrometer", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "equipped", "with", "a", "TriVersa", "NanoMate", "ion", "source", "(", "Advion", "Biosciences", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "details", "see", "section", "Lipidomic", "Analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Lipid", "extraction", "and", "analysis", "of", "mouse", "LV", "samples", "(", "3", "mg", "per", "sample", ")", "and", "human", "plasma", "(", "15μl", "per", "sample", ")", "were", "performed", "as", "described", "previously", "[", "58", ",", "59", "]", "at", "Lipotype", "GmbH", ":", "Lipids", "were", "extracted", "using", "a", "two-step", "chloroform/methanol", "procedure", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Samples", "were", "spiked", "with", "internal", "lipid", "standard", "mixture", "containing", ":", "cardiolipin", "16:1/15:0/15:0/15:0", "(", "CL", ")", ",", "ceramide", "18:1;2/17:0", "(", "Cer", ")", ",", "diacylglycerol", "17:0/17:0", "(", "DAG", ")", ",", "hexosylceramide", "18:1;2/12:0", "(", "HexCer", ")", ",", "lyso-phosphatidate", "17:0", "(", "LPA", ")", ",", "lyso-phosphatidylcholine", "12:0", "(", "LPC", ")", ",", "lyso-phosphatidylethanolamine", "17:1", "(", "LPE", ")", ",", "lyso-phosphatidylglycerol", "17:1", "(", "LPG", ")", ",", "lyso-phosphatidylinositol", "17:1", "(", "LPI", ")", ",", "lyso-phosphatidylserine", "17:1", "(", "LPS", ")", ",", "phosphatidate", "17:0/17:0", "(", "PA", ")", ",", "phosphatidylcholine", "17:0/17:0", "(", "PC", ")", ",", "phosphatidylethanolamine", "17:0/17:0", "(", "PE", ")", ",", "phosphatidylglycerol", "17:0/17:0", "(", "PG", ")", ",", "phosphatidylinositol", "16:0/16:0", "(", "PI", ")", ",", "phosphatidylserine", "17:0/17:0", "(", "PS", ")", ",", "cholesterol", "ester", "20:0", "(", "CE", ")", ",", "sphingomyelin", "18:1;2/12:0;0", "(", "SM", ")", ",", "triacylglycerol", "17:0/17:0/17:0", "(", "TAG", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O" ]
[ "After", "extraction", ",", "the", "organic", "phase", "was", "transferred", "to", "an", "infusion", "plate", "and", "dried", "in", "a", "speed", "vacuum", "concentrator", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1st", "step", "dry", "extract", "was", "re-suspended", "in", "7.5", "mM", "ammonium", "acetate", "in", "chloroform/methanol/propanol", "(", "1:2:4", ",", "V", ":", "V", ":", "V", ")", "and", "2nd", "step", "dry", "extract", "in", "33", "%", "ethanol", "solution", "of", "methylamine", "in", "chloroform/methanol", "(", "0.003:5:1", ";", "V", ":", "V", ":", "V", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "liquid", "handling", "steps", "were", "performed", "using", "Hamilton", "Robotics", "STARlet", "robotic", "platform", "with", "the", "Anti", "Droplet", "Control", "feature", "for", "organic", "solvents", "pipetting", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Samples", "were", "analyzed", "by", "direct", "infusion", "on", "a", "QExactive", "mass", "spectrometer", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "equipped", "with", "a", "TriVersa", "NanoMate", "ion", "source", "(", "Advion", "Biosciences", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Samples", "were", "analyzed", "in", "both", "positive", "and", "negative", "ion", "modes", "with", "a", "resolution", "of", "Rm/z", "=", "200", "=", "280000", "for", "MS", "and", "Rm/z", "=", "200", "=", "17500", "for", "MSMS", "experiments", ",", "in", "a", "single", "acquisition", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "MSMS", "was", "triggered", "by", "an", "inclusion", "list", "encompassing", "corresponding", "MS", "mass", "ranges", "scanned", "in", "1", "Da", "increments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Both", "MS", "and", "MSMS", "data", "were", "combined", "to", "monitor", "CE", ",", "DAG", "and", "TAG", "ions", "as", "ammonium", "adducts", ";", "PC", ",", "PC", "O-", ",", "as", "acetate", "adducts", ";", "and", "CL", ",", "PA", ",", "PE", ",", "PE", "O-", ",", "PG", ",", "PI", "and", "PS", "as", "deprotonated", "anions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]
[ "MS", "only", "was", "used", "to", "monitor", "LPA", ",", "LPE", ",", "LPE", "O-", ",", "LPI", "and", "LPS", "as", "deprotonated", "anions", ";", "Cer", ",", "HexCer", ",", "SM", ",", "LPC", "and", "LPC", "O-", "as", "acetate", "adducts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Data", "were", "analyzed", "with", "in-house", "developed", "lipid", "identification", "software", "based", "on", "LipidXplorer", "[", "60", ",", "61", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "lipid", "identifications", "with", "a", "signal-to-noise", "ratio", ">", "5", ",", "and", "a", "signal", "intensity", "5-fold", "higher", "than", "in", "corresponding", "blank", "samples", "were", "considered", "for", "further", "data", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Measured", "lipid", "amounts", "were", "normalized", "to", "total", "lipid", "amount", "in", "samples", "and", "log-transformed", "to", "approach", "a", "symmetric", "and", "approximative", "normal", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lipid", "species", "with", "missing", "values", "across", "many", "samples", "were", "removed", "from", "further", "analysis", ",", "and", "in", "total", ",", "we", "evaluated", "the", "results", "of", "225", "lipid", "species", "in", "the", "mouse", "and", "147", "in", "the", "human", "data", "set", "." ]	[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O" ]
[ "Normal", "distribution", "was", "checked", "visually", "by", "using", "Q-Q", "plots", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Depending", "on", "their", "scale", "and", "distribution", ",", "results", "are", "given", "in", "proportions", ",", "mean", ",", "standard", "deviation", "or", "standard", "error", "of", "the", "median", "with", "25", "%", "to", "75", "%", "quartiles", "as", "indicated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Statistical", "tests", "for", "significance", "were", "performed", "by", "using", "the", "tow-tailed", "t-test", "or", "Mann-Whitney-U-test", "as", "appropriate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Multivariable", "analysis", "was", "done", "by", "linear", "and", "robust", "linear", "regression", "with", "log-transformed", "relative", "lipid", "amounts", "as", "dependent", "and", "experimental", "or", "clinical", "conditions", ",", "age", "and", "BMI", ",", "as", "independent", "variables", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "class", "level", "comparisons", "only", ",", "we", "used", "regression", "or", "median", "imputation", "of", "missing", "values", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "avoid", "alpha", "inflation", ",", "p-values", "were", "adjusted", "by", "the", "Benjamini-Hochberg", "procedure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Adjusted", "p-values", "of", "less", "than", "<", "0.1", "were", "considered", "to", "be", "significant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "analyses", "were", "performed", "with", "R", "version", "3.3.1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "See", "S1", "Supporting", "Information", "for", "further", "details", "regarding", "data", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "compare", "differences", "between", "groups", "of", "mice", "phenotypes", ",", "we", "performed", "two-way", "ANOVA", "(", "Bonferroni", "posttest", ")", ",", "two-way", "ANOVA", "with", "repeated", "measures", "(", "Bonferroni", "posttest", ")", "or", "t-test", ",", "as", "appropriate", ",", "and", "data", "was", "analyzed", "with", "GraphPad", "Prism", "Software", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Statistical", "significance", "was", "assumed", "at", "p<0.05", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Vertical", "lines", "in", "the", "histograms", "indicate", "means", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "n-number", "is", "indicated", "for", "each", "experiment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lysosome-associated", "membrane", "glycoprotein", "3", "(", "LAMP3", ")", "is", "a", "type", "I", "transmembrane", "protein", "of", "the", "LAMP", "protein", "family", "with", "a", "cell-type-specific", "expression", "in", "alveolar", "type", "II", "cells", "in", "mice", "and", "hitherto", "unknown", "function", "." ]	[ "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "type", "II", "pneumocytes", ",", "LAMP3", "is", "localized", "in", "lamellar", "bodies", ",", "secretory", "organelles", "releasing", "pulmonary", "surfactant", "into", "the", "extracellular", "space", "to", "lower", "surface", "tension", "at", "the", "air/liquid", "interface", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "physiological", "function", "of", "LAMP3", ",", "however", ",", "remains", "enigmatic", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "by", "CRISPR/Cas9", "." ]	[ "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O" ]
[ "LAMP3", "deficient", "mice", "are", "viable", "with", "an", "average", "life", "span", "and", "display", "regular", "lung", "function", "under", "basal", "conditions", "." ]	[ "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "levels", "of", "a", "major", "hydrophobic", "protein", "component", "of", "pulmonary", "surfactant", ",", "SP-C", ",", "are", "strongly", "increased", "in", "the", "lung", "of", "Lamp3", "knockout", "mice", ",", "and", "the", "lipid", "composition", "of", "the", "bronchoalveolar", "lavage", "shows", "mild", "but", "significant", "changes", ",", "resulting", "in", "alterations", "in", "surfactant", "functionality", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "In", "ovalbumin-induced", "experimental", "allergic", "asthma", ",", "the", "changes", "in", "lipid", "composition", "are", "aggravated", ",", "and", "LAMP3-deficient", "mice", "exert", "an", "increased", "airway", "resistance", "." ]	[ "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "Our", "data", "suggest", "a", "critical", "role", "of", "LAMP3", "in", "the", "regulation", "of", "pulmonary", "surfactant", "homeostasis", "and", "normal", "lung", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Function", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "The", "lysosome-associated", "membrane", "glycoprotein", "(", "LAMP", ")", "family", "consists", "of", "five", "members", "(", "LAMP1", ",", "LAMP2", ",", "LAMP3", "/", "DC-LAMP", ",", "CD68", "/", "macrosialin", ",", "and", "LAMP5", "(", "BAD-LAMP", ")", ")", "." ]	[ "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O" ]
[ "All", "family", "members", "are", "heavily", "N-", "and", "O-glycosylated", "type", "I", "transmembrane", "proteins", "localized", "to", "the", "limiting", "membrane", "of", "lysosomes", "and", "lysosome-related", "organelles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "LAMP1", "and", "LAMP2", "are", "ubiquitously", "expressed", ",", "while", "LAMP3", "(", "synonymously", "called", "DC-LAMP", ")", ",", "CD68", ",", "and", "LAMP5", "show", "cell-type-specific", "or", "tissue-specific", "expression", "." ]	[ "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O" ]
[ "CD68", "expression", "is", "restricted", "to", "macrophages", ",", "monocytes", ",", "and", "microglia", ",", "whereas", "LAMP5", "is", "expressed", "exclusively", "in", "the", "brain", "." ]	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "LAMP3-expression", "pattern", "between", "humans", "and", "mice", "differs", ":", "LAMP3", "is", "expressed", "in", "humans", "in", "alveolar", "type", "II", "(", "AT2", ")", "cells", "and", "dendritic", "cells", "(", "DC", ")", "(", "eponymously", "for", "its", "alternative", "name", "\"", "DC-LAMP", "\"", "or", "CD208", ")", "." ]	[ "O", "O", "I-Function", "O", "B-Organism", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "O", "B-Organism", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "In", "mice", ",", "LAMP3", "is", "found", "exclusively", "in", "AT2", "cells", "but", "not", "in", "DCs", "[", "4–7", "]", "." ]	[ "O", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "findings", "suggest", "a", "conserved", "and", "critical", "function", "of", "LAMP3", "in", "AT2", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "On", "the", "subcellular", "levels", ",", "LAMP3", "is", "localized", "in", "lamellar", "bodies", "(", "LBs", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "However", ",", "the", "function", "of", "LAMP3", "in", "these", "cells", "remains", "enigmatic", "until", "now", ";", "if", "and", "how", "LAMP3", "affects", "surfactant", "homeostasis", ",", "e.g.", ",", "mediating", "surfactant", "release", "via", "LBs", ",", "is", "also", "poorly", "understood", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "primary", "function", "of", "AT2", "cells", "is", "mainly", "attributed", "to", "pulmonary", "surfactant", "release", "to", "lower", "surface", "tension", "at", "the", "lung", "’s", "air/liquid", "interface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Pulmonary", "surfactant", "is", "a", "mixture", "of", "lipids", "and", "proteins", ":", "The", "major", "hydrophobic", "protein", "components", ",", "surfactant", "proteins", "B", "(", "SP-B", ")", "and", "C", "(", "SP-C", ")", ",", "are", "small", "proteins", "deeply", "embedded", "into", "the", "phospholipids", "of", "the", "surfactant", "." ]	[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "B-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "deficiency", "in", "SP-B", "or", "SP-C", "due", "to", "genetic", "mutations", "in", "SFTPB", "or", "SFTPC", "cause", "hereditary", "forms", "of", "childhood", "interstitial", "lung", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O" ]
[ "Sftpb", "gene-targeted", "mice", "die", "of", "respiratory", "failure", "after", "birth", ",", "associated", "with", "irregular", "and", "dysfunctional", "LBs", "and", "tubular", "myelin", "." ]	[ "B-Protein", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "SP-C", "deficient", "mice", "have", "a", "regular", "life", "span", "and", "only", "show", "subtle", "deficits", "in", "lung", "mechanics", "and", "surfactant", "stability", "." ]	[ "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "composition", "of", "surfactant", "lipids", "has", "been", "analyzed", "extensively", "[", "13–17", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "most", "abundant", "and", "characteristic", "lipid", "class", "is", "phosphatidylcholine", "(", "PC", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "PC", "makes", "up", "approximately", "70", "%", "of", "the", "total", "surfactant", "mass", "with", "dipalmitoylphosphatidylcholine", "(", "DPPC", ";", "PC", "16:0/16:0", ")", "as", "the", "primary", "lipid", "species", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "An", "overall", "decrease", "of", "PC", "lipids", "is", "coupled", "to", "higher", "surface", "tension", "and", "lower", "surfactant", "protein", "inclusion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Other", "highly", "abundant", "and", "functionally", "essential", "phospholipid", "classes", "in", "surfactant", "include", "phosphatidylglycerol", "(", "PG", ")", "and", "phosphatidylinositol", "(", "PI", ")", ",", "while", "phosphatidylethanolamine", "(", "PE", ")", ",", "and", "sphingomyelin", "(", "SM", ")", "are", "reported", "as", "minor", "components", "of", "surfactant", "and", "most", "likely", "derived", "from", "other", "cell", "membranes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "lysophosphatidylcholine", "(", "LPC", ")", "can", "be", "found", "in", "low", "abundance", "in", "pulmonary", "surfactant", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "Preassembled", "surfactant", "is", "stored", "in", "secretory", "organelles", "known", "as", "LB", "that", "fuse", "with", "the", "cell", "membranes", "and", "release", "pulmonary", "surfactant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Function", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "LBs", "are", "multivesicular", "body", "/", "late", "endosome-derived", "specialized", "organelles", "filled", "with", "surfactant", "characterized", "by", "a", "typical", "\"", "myelin\"-like", "appearance", "by", "electron", "microscopy", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Phospholipids", "are", "directly", "transferred", "from", "the", "endoplasmic", "reticulum", "to", "LB", "through", "a", "vesicle-independent", "mechanism", "by", "the", "phospholipid", "transporter", "\"", "ATP", "binding", "cassette", "subfamily", "A", "member", "3", "\"", "(", "ABCA3", ")", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O" ]
[ "Like", "SFTPB", "or", "SFTPC", ",", "loss-of-function", "mutations", "in", "ABCA3", "were", "identified", "in", "full-term", "infants", "who", "died", "from", "unexplained", "fatal", "respiratory", "distress", "syndrome", "." ]	[ "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O" ]
[ "ABCA3", "mutations", "represent", "the", "most", "frequent", "form", "of", "congenital", "surfactant", "deficiencies", "." ]	[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "B-Lipid", "I-Disease", "O" ]
[ "A", "presumably", "loss-of-function", "mutation", "in", "LAMP3", "(", "p.(E387", "K", ")", ")", "was", "recently", "identified", "in", "an", "Airedale", "Terrier", "dog", "breed", ",", "leading", "to", "severe", "symptoms", "and", "pathology", "similar", "to", "clinical", "symptoms", "of", "the", "most", "severe", "neonatal", "forms", "of", "human", "surfactant", "deficiency", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]
[ "The", "affected", "puppies", "’", "symptoms", "included", "lethal", "hypoxic", "respiratory", "distress", "and", "occurred", "within", "the", "first", "days", "or", "weeks", "of", "life", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "LBs", "were", "smaller", ",", "contained", "fewer", "lamellae", ",", "and", "occasionally", "revealed", "a", "disrupted", "common", "limiting", "membrane", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "To", "conclusively", "address", "the", "physiological", "role", "of", "LAMP3", "in", "surfactant", "homeostasis", "using", "a", "genetically", "defined", "animal", "model", ",", "we", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "(", "KO", ",", "Lamp3", ")", "by", "CRISPR/Cas9", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", "to", "dogs", "bearing", "a", "natural", "mutation", "in", "LAMP3", ",", "Lamp3", "mice", "are", "vital", ",", "display", "a", "regular", "lung", "function", "at", "the", "basal", "level", ",", "and", "show", "no", "increased", "prenatal", "lethality", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "lungs", "of", "Lamp3", "animals", "did", "neither", "macroscopically", "nor", "microscopically", "differ", "from", "those", "of", "wild", "type", "littermates", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "However", ",", "biochemical", "analysis", "of", "broncho-alveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "fluid", "clearly", "revealed", "increased", "pro-SP-C", "levels", "and", "altered", "lipid", "composition", "in", "the", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O" ]
[ "These", "differences", "are", "further", "pronounced", "under", "diseased", "conditions", "as", "evoked", "by", "allergen-induced", "experimental", "asthma", ",", "and", "most", "notably", ",", "diseased", "Lamp3", "mice", "revealed", "significantly", "increased", "airway", "resistance", ",", "when", "stressed", "during", "methacholine", "provocation", "testing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "In", "conclusion", ",", "our", "data", "suggest", "a", "critical", "but", "not", "essential", "role", "of", "LAMP3", "in", "pulmonary", "surfactant", "homeostasis", "associated", "with", "normal", "lung", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "All", "animal", "studies", "were", "approved", "by", "the", "local", "animal", "ethics", "committe", "(", "Ministerium", "für", "Energiewende", ",", "Landwirtschaft", ",", "Umwelt", ",", "Natur", "und", "Digitalisierung", ";", "AZ", "V242", "-", "4255/2018", ",", "and", "V244", "-", "2826/2017", "(", "32", "-", "3/17", ")", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analytical", "grade", "chemicals", "were", "purchased", ",", "if", "not", "stated", "otherwise", ",", "from", "Sigma-Aldrich", "(", "MO", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "." ]	[ "O" ]
[ "Antibodies", ":", "The", "following", "antibodies", "were", "used", "in", "the", "study", ":", "Rat", "monoclonal", "LAMP3", ",", "clone", "1006F7.05", "(", "Dendritics", ")", ",", "SP-C", ",", "rabbit", "polyclonal", "(", "Abcam", ")", ",", "rabbit", "polyclonal", "antibodies", "against", "mature", "SP-B", "and", "Pro-SP-B", "(", "Seven", "Hills", "Bioreagents", ")", "were", "a", "generous", "gift", "from", "Jeffrey", "A.", "Whitsett", ",", "polyclonal", "β-Actin", "(", "Santa", "Cruz", "Biotechnology", ",", "Inc", ")", ",", "polyclonal", "rabbit", "antiserum", "against", "ABCA3", "was", "a", "kind", "gift", "from", "Michael", "L.", "Fitzgerald", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Fluorophore-conjugated", "secondary", "antibodies", "against", "the", "corresponding", "primary", "antibody", "species", "(", "AlexaFluor", "488", ")", "were", "purchased", "from", "Invitrogen", "/", "Molecular", "Probes", "and", "were", "diluted", "1:500", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mice", "with", "a", "null", "mutation", "in", "the", "Lamp3", "gene", "were", "generated", "in", "a", "C57BL/6N", "background", "using", "a", "CRISPR", "genome-editing", "system", "." ]	[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "this", "purpose", ",", "Cas9", "was", "combined", "with", "two", "single", "guide", "RNAs", "(", "sgRNAs", ")", "targeting", "the", "second", "exon", "in", "the", "Lamp3", "gene", "with", "the", "following", "spacer", "sequences", ":", "sgRNA_Lamp3", "F1", ":", "TCATCTACTGACGATACCAT", "and", "sgRNA_Lamp3", "R1", ":", "GCTAGACTAGCTCTGGTTGT", "microinjected", "into", "fertilized", "zygotes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Genome", "editing", "was", "confirmed", "by", "PCR", "amplification", "in", "the", "resulting", "founder", "mice", "with", "the", "primers", "Lamp3F", "5´-GATGGGGGAGGGATCTTTTA-3", "’", "and", "Lamp3R", "5´-GTTGGCCTCTGATTGGTTGT-3", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "founder", "harboring", "a", "40", "bp", "deletion", "within", "the", "second", "exon", "leading", "to", "a", "frameshift", "mutation", "was", "selected", "for", "further", "breeding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mice", "were", "housed", "under", "specific", "pathogen-free", "conditions", "(", "12", "hours", "’", "light/dark", "cycle", ",", "constant", "room", "temperature", ",", "and", "humidity", ")", "." ]	[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Food", "and", "water", "were", "available", "ad", "libitum", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Female", ",", "6-", "to", "8-week-old", "Lamp3", "and", "wildtype", "littermates", "mice", "(", "CAU", ",", "Kiel", ",", "Germany", ")", "were", "used", "for", "the", "allergic", "asthma", "model", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O" ]
[ "They", "received", "ovalbumin", "(OVA)-free", "diet", "and", "water", "ad", "libitum", "." ]	[ "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mice", "were", "sensitized", "to", "OVA", "by", "three", "intraperitoneal", "(", "i.p", ".", ")" ]	[ "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "injections", "of", "10", "μg", "of", "OVA", "(", "OVA", "grade", "VI", ",", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "adsorbed", "to", "150", "μg", "of", "aluminum", "hydroxide", "(", "imject", "alum", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "on", "days", "1", ",", "14", "and", "21", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "induce", "acute", "allergic", "airway", "inflammation", ",", "mice", "were", "exposed", "three", "times", "to", "an", "OVA", "(", "OVA", "grade", "V", ",", "Sigma-Aldrich", ")", "aerosol", "(", "1", "%", "wt/vol", "in", "PBS", ")", "on", "days", "26", ",", "27", ",", "and", "28", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Control", "animals", "were", "sham", "sensitized", "to", "PBS", "and", "subsequently", "challenged", "with", "OVA", "aerosol", "." ]	[ "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O" ]
[ "Steady-state", "lung", "parameters", "midexpiratory", "flow", "(", "EF50", ")", ",", "frequency", "(", "f", ")", ",", "functional", "residual", "capacity", "(", "Frc", ")", ",", "minute", "volume", "(", "MV", ")", ",", "peak", "expiratory", "flow", "(", "PEF", ")", ",", "peak", "inspiratory", "flow", "(", "PIF", ")", ",", "expiration", "time", "(", "Te", ")", ",", "inspiration", "time", "(", "Ti", ")", ",", "and", "tidal", "volume", "(", "TV", ")", "were", "measured", "in", "conscious", ",", "spontaneously", "breathing", "mice", "using", "FinePointe", "non-invasive", "airway", "mechanics", "double-chamber", "plethysmography", "(", "NAM", ",", "Data", "Science", "International", ",", "St.", "Paul", ",", "MN", ",", "USA", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Steady-state", "airway", "resistance", "(", "RI", ")", "and", "dynamic", "compliance", "(", "Cdyn", ")", "were", "measured", "in", "anesthetized", "and", "ventilated", "mice", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "(", "Data", "Science", "International", ")", "." ]	[ "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Airway", "responsiveness", "to", "methacholine", "(", "MCh", ",", "acetyl-β-methylcholine", "chloride", ";", "Sigma-Aldrich", ")", "challenge", "was", "invasively", "assessed", "on", "day", "29", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "(", "Data", "Science", "International", ",", "St.", "Paul", ",", "MN", ",", "USA", ")", "by", "continuous", "measurement", "of", "RI", "." ]	[ "B-Function", "I-Function", "O", "B-Metabolite", "I-Assay Type", "B-Metabolite", "I-Assay Type", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Function", "O" ]
[ "Animals", "were", "anesthetized", "with", "ketamine", "(", "90", "mg/kg", "body", "weight", ";", "cp-pharma", ")", "and", "xylazine", "(", "10", "mg/kg", "BW", ";", "cp-pharma", ")", "and", "tracheotomized", "with", "a", "cannula", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mechanical", "ventilation", "was", "previously", "described", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Measurements", "were", "taken", "at", "baseline", "(", "PBS", ")", "and", "in", "response", "to", "inhalation", "of", "increased", "concentrations", "of", "aerosolized", "methacholine", "(", "3.125", ";", "6.25", ";", "12.5", ";", "25", ";", "50", ";", "and", "100", "mg/mL", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "assessment", "of", "lung", "function", ",", "all", "animals", "were", "sacrificed", "by", "cervical", "dislocation", "under", "deep", "anesthesia", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "lungs", "were", "rinsed", "with", "1", "ml", "of", "fresh", ",", "ice-cold", "PBS", "containing", "protease", "inhibitor", "(", "Complete", ",", "Roche", ",", "Basel", ",", "Switzerland", ")", "via", "a", "tracheal", "cannula", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "Cells", "in", "BAL", "fluid", "were", "counted", "in", "the", "Neubauer", "chamber", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Serum", "concentration", "of", "FFAs", "was", "measured", "using", "a", "HR-NEFA", "kit", "(", "WAKO", ")", ",", "as", "described", "previously", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]

[ "TAGs", "in", "serum", "were", "determined", "using", "the", "DiaSys", "Triglycerides", "FS", "kit", "(", "DiaSys", "GmbH", ")", ",", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lipids", "from", "adipose", "tissue", "were", "extracted", "using", "a", "two-step", "chloroform/", "methanol", "procedure", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Samples", "were", "analyzed", "by", "direct", "infusion", "on", "a", "QExactive", "mass", "spectrometer", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "equipped", "with", "a", "TriVersa", "NanoMate", "ion", "source", "(", "Advion", "Biosciences", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "details", "see", "section", "Lipidomic", "Analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "Lipid", "extraction", "and", "analysis", "of", "mouse", "LV", "samples", "(", "3", "mg", "per", "sample", ")", "and", "human", "plasma", "(", "15μl", "per", "sample", ")", "were", "performed", "as", "described", "previously", "[", "58", ",", "59", "]", "at", "Lipotype", "GmbH", ":", "Lipids", "were", "extracted", "using", "a", "two-step", "chloroform/methanol", "procedure", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Samples", "were", "spiked", "with", "internal", "lipid", "standard", "mixture", "containing", ":", "cardiolipin", "16:1/15:0/15:0/15:0", "(", "CL", ")", ",", "ceramide", "18:1;2/17:0", "(", "Cer", ")", ",", "diacylglycerol", "17:0/17:0", "(", "DAG", ")", ",", "hexosylceramide", "18:1;2/12:0", "(", "HexCer", ")", ",", "lyso-phosphatidate", "17:0", "(", "LPA", ")", ",", "lyso-phosphatidylcholine", "12:0", "(", "LPC", ")", ",", "lyso-phosphatidylethanolamine", "17:1", "(", "LPE", ")", ",", "lyso-phosphatidylglycerol", "17:1", "(", "LPG", ")", ",", "lyso-phosphatidylinositol", "17:1", "(", "LPI", ")", ",", "lyso-phosphatidylserine", "17:1", "(", "LPS", ")", ",", "phosphatidate", "17:0/17:0", "(", "PA", ")", ",", "phosphatidylcholine", "17:0/17:0", "(", "PC", ")", ",", "phosphatidylethanolamine", "17:0/17:0", "(", "PE", ")", ",", "phosphatidylglycerol", "17:0/17:0", "(", "PG", ")", ",", "phosphatidylinositol", "16:0/16:0", "(", "PI", ")", ",", "phosphatidylserine", "17:0/17:0", "(", "PS", ")", ",", "cholesterol", "ester", "20:0", "(", "CE", ")", ",", "sphingomyelin", "18:1;2/12:0;0", "(", "SM", ")", ",", "triacylglycerol", "17:0/17:0/17:0", "(", "TAG", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O" ]

[ "After", "extraction", ",", "the", "organic", "phase", "was", "transferred", "to", "an", "infusion", "plate", "and", "dried", "in", "a", "speed", "vacuum", "concentrator", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1st", "step", "dry", "extract", "was", "re-suspended", "in", "7.5", "mM", "ammonium", "acetate", "in", "chloroform/methanol/propanol", "(", "1:2:4", ",", "V", ":", "V", ":", "V", ")", "and", "2nd", "step", "dry", "extract", "in", "33", "%", "ethanol", "solution", "of", "methylamine", "in", "chloroform/methanol", "(", "0.003:5:1", ";", "V", ":", "V", ":", "V", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "liquid", "handling", "steps", "were", "performed", "using", "Hamilton", "Robotics", "STARlet", "robotic", "platform", "with", "the", "Anti", "Droplet", "Control", "feature", "for", "organic", "solvents", "pipetting", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Samples", "were", "analyzed", "by", "direct", "infusion", "on", "a", "QExactive", "mass", "spectrometer", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "equipped", "with", "a", "TriVersa", "NanoMate", "ion", "source", "(", "Advion", "Biosciences", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Samples", "were", "analyzed", "in", "both", "positive", "and", "negative", "ion", "modes", "with", "a", "resolution", "of", "Rm/z", "=", "200", "=", "280000", "for", "MS", "and", "Rm/z", "=", "200", "=", "17500", "for", "MSMS", "experiments", ",", "in", "a", "single", "acquisition", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MSMS", "was", "triggered", "by", "an", "inclusion", "list", "encompassing", "corresponding", "MS", "mass", "ranges", "scanned", "in", "1", "Da", "increments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Both", "MS", "and", "MSMS", "data", "were", "combined", "to", "monitor", "CE", ",", "DAG", "and", "TAG", "ions", "as", "ammonium", "adducts", ";", "PC", ",", "PC", "O-", ",", "as", "acetate", "adducts", ";", "and", "CL", ",", "PA", ",", "PE", ",", "PE", "O-", ",", "PG", ",", "PI", "and", "PS", "as", "deprotonated", "anions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MS", "only", "was", "used", "to", "monitor", "LPA", ",", "LPE", ",", "LPE", "O-", ",", "LPI", "and", "LPS", "as", "deprotonated", "anions", ";", "Cer", ",", "HexCer", ",", "SM", ",", "LPC", "and", "LPC", "O-", "as", "acetate", "adducts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "were", "analyzed", "with", "in-house", "developed", "lipid", "identification", "software", "based", "on", "LipidXplorer", "[", "60", ",", "61", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "lipid", "identifications", "with", "a", "signal-to-noise", "ratio", ">", "5", ",", "and", "a", "signal", "intensity", "5-fold", "higher", "than", "in", "corresponding", "blank", "samples", "were", "considered", "for", "further", "data", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Measured", "lipid", "amounts", "were", "normalized", "to", "total", "lipid", "amount", "in", "samples", "and", "log-transformed", "to", "approach", "a", "symmetric", "and", "approximative", "normal", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lipid", "species", "with", "missing", "values", "across", "many", "samples", "were", "removed", "from", "further", "analysis", ",", "and", "in", "total", ",", "we", "evaluated", "the", "results", "of", "225", "lipid", "species", "in", "the", "mouse", "and", "147", "in", "the", "human", "data", "set", "." ]

[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O" ]

[ "Normal", "distribution", "was", "checked", "visually", "by", "using", "Q-Q", "plots", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Depending", "on", "their", "scale", "and", "distribution", ",", "results", "are", "given", "in", "proportions", ",", "mean", ",", "standard", "deviation", "or", "standard", "error", "of", "the", "median", "with", "25", "%", "to", "75", "%", "quartiles", "as", "indicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Statistical", "tests", "for", "significance", "were", "performed", "by", "using", "the", "tow-tailed", "t-test", "or", "Mann-Whitney-U-test", "as", "appropriate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Multivariable", "analysis", "was", "done", "by", "linear", "and", "robust", "linear", "regression", "with", "log-transformed", "relative", "lipid", "amounts", "as", "dependent", "and", "experimental", "or", "clinical", "conditions", ",", "age", "and", "BMI", ",", "as", "independent", "variables", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "class", "level", "comparisons", "only", ",", "we", "used", "regression", "or", "median", "imputation", "of", "missing", "values", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "avoid", "alpha", "inflation", ",", "p-values", "were", "adjusted", "by", "the", "Benjamini-Hochberg", "procedure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Adjusted", "p-values", "of", "less", "than", "<", "0.1", "were", "considered", "to", "be", "significant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "analyses", "were", "performed", "with", "R", "version", "3.3.1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "See", "S1", "Supporting", "Information", "for", "further", "details", "regarding", "data", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "compare", "differences", "between", "groups", "of", "mice", "phenotypes", ",", "we", "performed", "two-way", "ANOVA", "(", "Bonferroni", "posttest", ")", ",", "two-way", "ANOVA", "with", "repeated", "measures", "(", "Bonferroni", "posttest", ")", "or", "t-test", ",", "as", "appropriate", ",", "and", "data", "was", "analyzed", "with", "GraphPad", "Prism", "Software", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Statistical", "significance", "was", "assumed", "at", "p<0.05", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Vertical", "lines", "in", "the", "histograms", "indicate", "means", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "n-number", "is", "indicated", "for", "each", "experiment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lysosome-associated", "membrane", "glycoprotein", "3", "(", "LAMP3", ")", "is", "a", "type", "I", "transmembrane", "protein", "of", "the", "LAMP", "protein", "family", "with", "a", "cell-type-specific", "expression", "in", "alveolar", "type", "II", "cells", "in", "mice", "and", "hitherto", "unknown", "function", "." ]

[ "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "type", "II", "pneumocytes", ",", "LAMP3", "is", "localized", "in", "lamellar", "bodies", ",", "secretory", "organelles", "releasing", "pulmonary", "surfactant", "into", "the", "extracellular", "space", "to", "lower", "surface", "tension", "at", "the", "air/liquid", "interface", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "physiological", "function", "of", "LAMP3", ",", "however", ",", "remains", "enigmatic", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "by", "CRISPR/Cas9", "." ]

[ "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O" ]

[ "LAMP3", "deficient", "mice", "are", "viable", "with", "an", "average", "life", "span", "and", "display", "regular", "lung", "function", "under", "basal", "conditions", "." ]

[ "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "levels", "of", "a", "major", "hydrophobic", "protein", "component", "of", "pulmonary", "surfactant", ",", "SP-C", ",", "are", "strongly", "increased", "in", "the", "lung", "of", "Lamp3", "knockout", "mice", ",", "and", "the", "lipid", "composition", "of", "the", "bronchoalveolar", "lavage", "shows", "mild", "but", "significant", "changes", ",", "resulting", "in", "alterations", "in", "surfactant", "functionality", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]

[ "In", "ovalbumin-induced", "experimental", "allergic", "asthma", ",", "the", "changes", "in", "lipid", "composition", "are", "aggravated", ",", "and", "LAMP3-deficient", "mice", "exert", "an", "increased", "airway", "resistance", "." ]

[ "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]

[ "Our", "data", "suggest", "a", "critical", "role", "of", "LAMP3", "in", "the", "regulation", "of", "pulmonary", "surfactant", "homeostasis", "and", "normal", "lung", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Function", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]

[ "The", "lysosome-associated", "membrane", "glycoprotein", "(", "LAMP", ")", "family", "consists", "of", "five", "members", "(", "LAMP1", ",", "LAMP2", ",", "LAMP3", "/", "DC-LAMP", ",", "CD68", "/", "macrosialin", ",", "and", "LAMP5", "(", "BAD-LAMP", ")", ")", "." ]

[ "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O" ]

[ "All", "family", "members", "are", "heavily", "N-", "and", "O-glycosylated", "type", "I", "transmembrane", "proteins", "localized", "to", "the", "limiting", "membrane", "of", "lysosomes", "and", "lysosome-related", "organelles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "LAMP1", "and", "LAMP2", "are", "ubiquitously", "expressed", ",", "while", "LAMP3", "(", "synonymously", "called", "DC-LAMP", ")", ",", "CD68", ",", "and", "LAMP5", "show", "cell-type-specific", "or", "tissue-specific", "expression", "." ]

[ "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O" ]

[ "CD68", "expression", "is", "restricted", "to", "macrophages", ",", "monocytes", ",", "and", "microglia", ",", "whereas", "LAMP5", "is", "expressed", "exclusively", "in", "the", "brain", "." ]

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "LAMP3-expression", "pattern", "between", "humans", "and", "mice", "differs", ":", "LAMP3", "is", "expressed", "in", "humans", "in", "alveolar", "type", "II", "(", "AT2", ")", "cells", "and", "dendritic", "cells", "(", "DC", ")", "(", "eponymously", "for", "its", "alternative", "name", "\"", "DC-LAMP", "\"", "or", "CD208", ")", "." ]

[ "O", "O", "I-Function", "O", "B-Organism", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "O", "B-Organism", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "In", "mice", ",", "LAMP3", "is", "found", "exclusively", "in", "AT2", "cells", "but", "not", "in", "DCs", "[", "4–7", "]", "." ]

[ "O", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", "suggest", "a", "conserved", "and", "critical", "function", "of", "LAMP3", "in", "AT2", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "On", "the", "subcellular", "levels", ",", "LAMP3", "is", "localized", "in", "lamellar", "bodies", "(", "LBs", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "However", ",", "the", "function", "of", "LAMP3", "in", "these", "cells", "remains", "enigmatic", "until", "now", ";", "if", "and", "how", "LAMP3", "affects", "surfactant", "homeostasis", ",", "e.g.", ",", "mediating", "surfactant", "release", "via", "LBs", ",", "is", "also", "poorly", "understood", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "primary", "function", "of", "AT2", "cells", "is", "mainly", "attributed", "to", "pulmonary", "surfactant", "release", "to", "lower", "surface", "tension", "at", "the", "lung", "’s", "air/liquid", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "Pulmonary", "surfactant", "is", "a", "mixture", "of", "lipids", "and", "proteins", ":", "The", "major", "hydrophobic", "protein", "components", ",", "surfactant", "proteins", "B", "(", "SP-B", ")", "and", "C", "(", "SP-C", ")", ",", "are", "small", "proteins", "deeply", "embedded", "into", "the", "phospholipids", "of", "the", "surfactant", "." ]

[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "B-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "deficiency", "in", "SP-B", "or", "SP-C", "due", "to", "genetic", "mutations", "in", "SFTPB", "or", "SFTPC", "cause", "hereditary", "forms", "of", "childhood", "interstitial", "lung", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O" ]

[ "Sftpb", "gene-targeted", "mice", "die", "of", "respiratory", "failure", "after", "birth", ",", "associated", "with", "irregular", "and", "dysfunctional", "LBs", "and", "tubular", "myelin", "." ]

[ "B-Protein", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "SP-C", "deficient", "mice", "have", "a", "regular", "life", "span", "and", "only", "show", "subtle", "deficits", "in", "lung", "mechanics", "and", "surfactant", "stability", "." ]

[ "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "composition", "of", "surfactant", "lipids", "has", "been", "analyzed", "extensively", "[", "13–17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "most", "abundant", "and", "characteristic", "lipid", "class", "is", "phosphatidylcholine", "(", "PC", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]

[ "PC", "makes", "up", "approximately", "70", "%", "of", "the", "total", "surfactant", "mass", "with", "dipalmitoylphosphatidylcholine", "(", "DPPC", ";", "PC", "16:0/16:0", ")", "as", "the", "primary", "lipid", "species", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]

[ "An", "overall", "decrease", "of", "PC", "lipids", "is", "coupled", "to", "higher", "surface", "tension", "and", "lower", "surfactant", "protein", "inclusion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "highly", "abundant", "and", "functionally", "essential", "phospholipid", "classes", "in", "surfactant", "include", "phosphatidylglycerol", "(", "PG", ")", "and", "phosphatidylinositol", "(", "PI", ")", ",", "while", "phosphatidylethanolamine", "(", "PE", ")", ",", "and", "sphingomyelin", "(", "SM", ")", "are", "reported", "as", "minor", "components", "of", "surfactant", "and", "most", "likely", "derived", "from", "other", "cell", "membranes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "lysophosphatidylcholine", "(", "LPC", ")", "can", "be", "found", "in", "low", "abundance", "in", "pulmonary", "surfactant", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]

[ "Preassembled", "surfactant", "is", "stored", "in", "secretory", "organelles", "known", "as", "LB", "that", "fuse", "with", "the", "cell", "membranes", "and", "release", "pulmonary", "surfactant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Function", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]

[ "LBs", "are", "multivesicular", "body", "/", "late", "endosome-derived", "specialized", "organelles", "filled", "with", "surfactant", "characterized", "by", "a", "typical", "\"", "myelin\"-like", "appearance", "by", "electron", "microscopy", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "Phospholipids", "are", "directly", "transferred", "from", "the", "endoplasmic", "reticulum", "to", "LB", "through", "a", "vesicle-independent", "mechanism", "by", "the", "phospholipid", "transporter", "\"", "ATP", "binding", "cassette", "subfamily", "A", "member", "3", "\"", "(", "ABCA3", ")", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O" ]

[ "Like", "SFTPB", "or", "SFTPC", ",", "loss-of-function", "mutations", "in", "ABCA3", "were", "identified", "in", "full-term", "infants", "who", "died", "from", "unexplained", "fatal", "respiratory", "distress", "syndrome", "." ]

[ "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O" ]

[ "ABCA3", "mutations", "represent", "the", "most", "frequent", "form", "of", "congenital", "surfactant", "deficiencies", "." ]

[ "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "B-Lipid", "I-Disease", "O" ]

[ "A", "presumably", "loss-of-function", "mutation", "in", "LAMP3", "(", "p.(E387", "K", ")", ")", "was", "recently", "identified", "in", "an", "Airedale", "Terrier", "dog", "breed", ",", "leading", "to", "severe", "symptoms", "and", "pathology", "similar", "to", "clinical", "symptoms", "of", "the", "most", "severe", "neonatal", "forms", "of", "human", "surfactant", "deficiency", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]

[ "The", "affected", "puppies", "’", "symptoms", "included", "lethal", "hypoxic", "respiratory", "distress", "and", "occurred", "within", "the", "first", "days", "or", "weeks", "of", "life", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "LBs", "were", "smaller", ",", "contained", "fewer", "lamellae", ",", "and", "occasionally", "revealed", "a", "disrupted", "common", "limiting", "membrane", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "To", "conclusively", "address", "the", "physiological", "role", "of", "LAMP3", "in", "surfactant", "homeostasis", "using", "a", "genetically", "defined", "animal", "model", ",", "we", "generated", "Lamp3", "knockout", "mice", "(", "KO", ",", "Lamp3", ")", "by", "CRISPR/Cas9", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", "to", "dogs", "bearing", "a", "natural", "mutation", "in", "LAMP3", ",", "Lamp3", "mice", "are", "vital", ",", "display", "a", "regular", "lung", "function", "at", "the", "basal", "level", ",", "and", "show", "no", "increased", "prenatal", "lethality", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "lungs", "of", "Lamp3", "animals", "did", "neither", "macroscopically", "nor", "microscopically", "differ", "from", "those", "of", "wild", "type", "littermates", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "However", ",", "biochemical", "analysis", "of", "broncho-alveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "fluid", "clearly", "revealed", "increased", "pro-SP-C", "levels", "and", "altered", "lipid", "composition", "in", "the", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O" ]

[ "These", "differences", "are", "further", "pronounced", "under", "diseased", "conditions", "as", "evoked", "by", "allergen-induced", "experimental", "asthma", ",", "and", "most", "notably", ",", "diseased", "Lamp3", "mice", "revealed", "significantly", "increased", "airway", "resistance", ",", "when", "stressed", "during", "methacholine", "provocation", "testing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "In", "conclusion", ",", "our", "data", "suggest", "a", "critical", "but", "not", "essential", "role", "of", "LAMP3", "in", "pulmonary", "surfactant", "homeostasis", "associated", "with", "normal", "lung", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]

[ "All", "animal", "studies", "were", "approved", "by", "the", "local", "animal", "ethics", "committe", "(", "Ministerium", "für", "Energiewende", ",", "Landwirtschaft", ",", "Umwelt", ",", "Natur", "und", "Digitalisierung", ";", "AZ", "V242", "-", "4255/2018", ",", "and", "V244", "-", "2826/2017", "(", "32", "-", "3/17", ")", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analytical", "grade", "chemicals", "were", "purchased", ",", "if", "not", "stated", "otherwise", ",", "from", "Sigma-Aldrich", "(", "MO", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "." ]

[ "O" ]

[ "Antibodies", ":", "The", "following", "antibodies", "were", "used", "in", "the", "study", ":", "Rat", "monoclonal", "LAMP3", ",", "clone", "1006F7.05", "(", "Dendritics", ")", ",", "SP-C", ",", "rabbit", "polyclonal", "(", "Abcam", ")", ",", "rabbit", "polyclonal", "antibodies", "against", "mature", "SP-B", "and", "Pro-SP-B", "(", "Seven", "Hills", "Bioreagents", ")", "were", "a", "generous", "gift", "from", "Jeffrey", "A.", "Whitsett", ",", "polyclonal", "β-Actin", "(", "Santa", "Cruz", "Biotechnology", ",", "Inc", ")", ",", "polyclonal", "rabbit", "antiserum", "against", "ABCA3", "was", "a", "kind", "gift", "from", "Michael", "L.", "Fitzgerald", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fluorophore-conjugated", "secondary", "antibodies", "against", "the", "corresponding", "primary", "antibody", "species", "(", "AlexaFluor", "488", ")", "were", "purchased", "from", "Invitrogen", "/", "Molecular", "Probes", "and", "were", "diluted", "1:500", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mice", "with", "a", "null", "mutation", "in", "the", "Lamp3", "gene", "were", "generated", "in", "a", "C57BL/6N", "background", "using", "a", "CRISPR", "genome-editing", "system", "." ]

[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "this", "purpose", ",", "Cas9", "was", "combined", "with", "two", "single", "guide", "RNAs", "(", "sgRNAs", ")", "targeting", "the", "second", "exon", "in", "the", "Lamp3", "gene", "with", "the", "following", "spacer", "sequences", ":", "sgRNA_Lamp3", "F1", ":", "TCATCTACTGACGATACCAT", "and", "sgRNA_Lamp3", "R1", ":", "GCTAGACTAGCTCTGGTTGT", "microinjected", "into", "fertilized", "zygotes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genome", "editing", "was", "confirmed", "by", "PCR", "amplification", "in", "the", "resulting", "founder", "mice", "with", "the", "primers", "Lamp3F", "5´-GATGGGGGAGGGATCTTTTA-3", "’", "and", "Lamp3R", "5´-GTTGGCCTCTGATTGGTTGT-3", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "founder", "harboring", "a", "40", "bp", "deletion", "within", "the", "second", "exon", "leading", "to", "a", "frameshift", "mutation", "was", "selected", "for", "further", "breeding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mice", "were", "housed", "under", "specific", "pathogen-free", "conditions", "(", "12", "hours", "’", "light/dark", "cycle", ",", "constant", "room", "temperature", ",", "and", "humidity", ")", "." ]

[ "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Food", "and", "water", "were", "available", "ad", "libitum", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Female", ",", "6-", "to", "8-week-old", "Lamp3", "and", "wildtype", "littermates", "mice", "(", "CAU", ",", "Kiel", ",", "Germany", ")", "were", "used", "for", "the", "allergic", "asthma", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O" ]

[ "They", "received", "ovalbumin", "(OVA)-free", "diet", "and", "water", "ad", "libitum", "." ]

[ "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mice", "were", "sensitized", "to", "OVA", "by", "three", "intraperitoneal", "(", "i.p", ".", ")" ]

[ "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "injections", "of", "10", "μg", "of", "OVA", "(", "OVA", "grade", "VI", ",", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "adsorbed", "to", "150", "μg", "of", "aluminum", "hydroxide", "(", "imject", "alum", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "on", "days", "1", ",", "14", "and", "21", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "induce", "acute", "allergic", "airway", "inflammation", ",", "mice", "were", "exposed", "three", "times", "to", "an", "OVA", "(", "OVA", "grade", "V", ",", "Sigma-Aldrich", ")", "aerosol", "(", "1", "%", "wt/vol", "in", "PBS", ")", "on", "days", "26", ",", "27", ",", "and", "28", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Control", "animals", "were", "sham", "sensitized", "to", "PBS", "and", "subsequently", "challenged", "with", "OVA", "aerosol", "." ]

[ "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O" ]

[ "Steady-state", "lung", "parameters", "midexpiratory", "flow", "(", "EF50", ")", ",", "frequency", "(", "f", ")", ",", "functional", "residual", "capacity", "(", "Frc", ")", ",", "minute", "volume", "(", "MV", ")", ",", "peak", "expiratory", "flow", "(", "PEF", ")", ",", "peak", "inspiratory", "flow", "(", "PIF", ")", ",", "expiration", "time", "(", "Te", ")", ",", "inspiration", "time", "(", "Ti", ")", ",", "and", "tidal", "volume", "(", "TV", ")", "were", "measured", "in", "conscious", ",", "spontaneously", "breathing", "mice", "using", "FinePointe", "non-invasive", "airway", "mechanics", "double-chamber", "plethysmography", "(", "NAM", ",", "Data", "Science", "International", ",", "St.", "Paul", ",", "MN", ",", "USA", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Steady-state", "airway", "resistance", "(", "RI", ")", "and", "dynamic", "compliance", "(", "Cdyn", ")", "were", "measured", "in", "anesthetized", "and", "ventilated", "mice", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "(", "Data", "Science", "International", ")", "." ]

[ "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Airway", "responsiveness", "to", "methacholine", "(", "MCh", ",", "acetyl-β-methylcholine", "chloride", ";", "Sigma-Aldrich", ")", "challenge", "was", "invasively", "assessed", "on", "day", "29", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "(", "Data", "Science", "International", ",", "St.", "Paul", ",", "MN", ",", "USA", ")", "by", "continuous", "measurement", "of", "RI", "." ]

[ "B-Function", "I-Function", "O", "B-Metabolite", "I-Assay Type", "B-Metabolite", "I-Assay Type", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Function", "O" ]

[ "Animals", "were", "anesthetized", "with", "ketamine", "(", "90", "mg/kg", "body", "weight", ";", "cp-pharma", ")", "and", "xylazine", "(", "10", "mg/kg", "BW", ";", "cp-pharma", ")", "and", "tracheotomized", "with", "a", "cannula", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mechanical", "ventilation", "was", "previously", "described", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Measurements", "were", "taken", "at", "baseline", "(", "PBS", ")", "and", "in", "response", "to", "inhalation", "of", "increased", "concentrations", "of", "aerosolized", "methacholine", "(", "3.125", ";", "6.25", ";", "12.5", ";", "25", ";", "50", ";", "and", "100", "mg/mL", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "assessment", "of", "lung", "function", ",", "all", "animals", "were", "sacrificed", "by", "cervical", "dislocation", "under", "deep", "anesthesia", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "lungs", "were", "rinsed", "with", "1", "ml", "of", "fresh", ",", "ice-cold", "PBS", "containing", "protease", "inhibitor", "(", "Complete", ",", "Roche", ",", "Basel", ",", "Switzerland", ")", "via", "a", "tracheal", "cannula", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "Cells", "in", "BAL", "fluid", "were", "counted", "in", "the", "Neubauer", "chamber", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]