Mardiyyah/BioHackathon_25_IOB_V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 1 168	tags listlengths 1 168
[ "n", "=", "4", "(", "per", "genotype", ")", ";", "", "", "*", "=", "p", "≤", "0.001", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunohistochemistry", "staining", "of", "lung", "sections", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "with", "an", "antibody", "specific", "for", "LAMP3", ".", "(" ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O" ]
[ "Genotype", "distribution", "of", "the", "litters", "from", "heterozygote", "Lamp3breeding", "pairs", "after", "weaning", "(", "3–4", "weeks", "after", "birth", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "N", "=", "208", "individuals", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Left", ":", "Hematoxylin", "/", "Eosin", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "Right", ":", "Toluidine", "blue", "staining", "of", "plastic-embedded", "semi-thin", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "Photos", "of", "the", "inflated", "lungs", "of", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "Lung", "volume/body", "weight", "ratio", "of", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "number", "of", "inflammatory", "cells", "(", "lymphocytes", ",", "neutrophils", ",", "eosinophils", ",", "and", "macrophages", ")", "in", "the", "BAL", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ";", "0.05", ";", "*", "=", "p", "≤", "0.05", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "lung", "function", "analysis", "revealed", "no", "abnormalities", "in", "the", "breathing", "pattern", "of", "Lamp3", "mice", "regarding", "the", "frequency", ",", "flow", ",", "volume", ",", "and", "time", "parameters", "as", "non-invasively", "assessed", "in", "spontaneously", "breathing", "animals", "as", "well", "as", "for", "airway", "resistance", "and", "compliance", "as", "recorded", "invasively", "in", "relaxed", ",", "ventilated", "animals", "(", "Table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analysis", "of", "the", "BAL", "cellular", "composition", "revealed", "a", "tendency", "towards", "a", "higher", "number", "of", "lymphocytes", "and", "neutrophils", "in", "Lamp3", "mice", ",", "which", ",", "however", ",", "did", "not", "reach", "statistical", "significance", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "number", "of", "macrophages", "was", "moderately", "increased", "in", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1L", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Airway", "resistance", "(", "RI", ")", "and", "dynamic", "compliance", "were", "measured", "in", "anesthetized", "and", "ventilated", "mice", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "." ]	[ "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Midexpiratory", "flow", "(", "EF50", ")", ",", "frequency", "(", "f", ")", ",", "functional", "residual", "capacity", "(", "Frc", ")", ",", "minute", "volume", "(", "MV", ")", ",", "peak", "expiratory", "flow", "(", "PEF", ")", ",", "peak", "inspiratory", "flow", "(", "PIF", ")", ",", "expiration", "time", "(", "Te", ")", ",", "inspiration", "time", "(", "Ti", ")", ",", "and", "tidal", "volume", "(", "TV", ")", "were", "measured", "in", "conscious", ",", "spontaneously", "breathing", "mice", "using", "FinePointe", "non-invasive", "airway", "mechanics", "(", "NAM", ")", "double", "chamber", "plethysmography", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Values", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "7", "per", "genotype", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "reasoned", "that", "a", "lack", "of", "LAMP3", "might", "affect", "the", "levels", "of", "the", "surfactant", "proteins", "SP-B", "and", "SP-C", ",", "major", "components", "of", "the", "LB-stored-", "and", "secreted", "surfactant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O" ]
[ "Indeed", ",", "quantitative", "PCR", "analysis", "revealed", "reduced", "levels", "of", "Sftpb", "transcript", "and", "a", "similar", "trend", "(", "though", "not", "statistically", "significant", ")", "for", "Sftpc", "in", "total", "lung", "RNA", "(", "Fig", "2A", ")", "of", "Lamp3", "knockout", "mice", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "immunoblot", "analysis", "of", "lung", "tissue", "lysates", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "SP-B", "and", "SP-C", "showed", "normal", "levels", "of", "pro-SP-B", "and", "a", "striking", "increase", "in", "the", "levels", "of", "pro-SP-C", ",", "the", "immature", "pro-form", "of", "SP-C", ",", "indicating", "a", "critical", "role", "of", "LAMP3", "in", "the", "biosynthesis", "or", "turnover", "of", "SP-C", "(", "Fig", "2B", "and", "2C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "levels", "of", "mature", "SP-B", "were", "also", "significantly", "increased", ",", "though", "only", "to", "a", "moderate", "level", "compared", "to", "the", "increase", "in", "SP-C.", "(", "A", ")", "Quantitative", "real-time", "PCR", "of", "total", "RNA", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "SP-B", "and", "SP-C.", "The", "expression", "was", "normalized", "to", "the", "housekeeping", "gene", "RPL32", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O" ]
[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ";", "", "", "=", "p", "≤", "0.01", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Representative", "immunoblots", "of", "lung", "tissue", "lysates", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "pro-SP-C", ",", "pro-SP-B", ",", "and", "mature", "SP-B.", "Actin", "is", "depicted", "as", "a", "loading", "control", ".", "(" ]	[ "O", "B-Assay Type", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Quantification", "of", "immunoblots", "for", "pro-SP-C", ",", "pro-SP-B", ",", "and", "mature", "SP-B", "normalized", "to", "Actin", "as", "a", "loading", "control", "." ]	[ "O", "O", "B-Assay Type", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "average", "of", "the", "wildtype", "group", "was", "set", "as", "“", "1", "”", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ";", "ns", "=", "not", "significant", ";", "", "", "*", "=", "p", "≤", "0.001", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunofluorescence", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "ABCA3", "and", "mature", "SP-B", "(", "green", ")", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Nuclei", "are", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunofluorescence", "analysis", "on", "lung", "sections", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "revealed", "no", "major", "differences", "in", "the", "staining", "pattern", "of", "the", "essential", "LB", "proteins", "ABCA3", "or", "mature", "SP-B.", "Both", "proteins", "localized", "in", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "to", "ring-like", "structures", "of", "AT2", "cells", ",", "representing", "LBs", "as", "determined", "by", "high-resolution", "fluorescence", "microscopy", "(", "Fig", "2D", ")", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Given", "the", "apparent", "differences", "in", "SP-C", "levels", "and", "mature", "SP-B", "in", "protein", "extracts", "of", "lung", "tissue", "lysates", ",", "we", "next", "analyzed", "the", "lipid", "composition", "of", "the", "BAL", "and", "total", "lung", "homogenates", "by", "a", "semi-targeted", "shotgun", "lipidomics", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "After", "shotgun", "lipidomics", ",", "a", "total", "of", "208", "different", "lipid", "species", "in", "the", "BAL", "were", "quantified", "." ]	[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "We", "first", "determined", "if", "the", "two", "groups", "(", "wildtype", "and", "Lamp3", "BAL", "lipids", ")", "could", "be", "separated", "by", "analyzing", "the", "lipidomics", "dataset", "by", "unsupervised", "principal", "component", "analysis", "(", "PCA", ")", "(", "Fig", "3A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "apparent", "separation", "was", "characterized", "by", "increased", "PGs", "and", "LPG", "levels", "in", "the", "wildtype", "while", "SMs", "are", "increased", "in", "the", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "To", "gain", "better", "insight", "into", "the", "perturbations", "on", "the", "lipid", "species", "level", ",", "we", "further", "applied", "hierarchical", "clustering", "(", "Fig", "3B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "conjunction", "with", "the", "PCA", ",", "wildtype", "and", "Lamp3", "mouse", "BAL", "lipid", "profiles", "were", "clearly", "distinguished", "by", "the", "underlying", "Spearman", "Rank", "correlation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "According", "to", "the", "genotype", ",", "the", "abundance", "of", "lipid", "species", "correlated", "for", "PG", ",", "LPG", ",", "and", "DAG", ",", "showing", "a", "relative", "increase", "in", "wildtype", "mice", ",", "which", "was", "also", "confirmed", "by", "statistical", "analysis", "for", "the", "selected", "indicated", "lipids", "species", "(", "Fig", "3C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "PI", "and", "LPI", "were", "decreased", "in", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "Notably", ",", "PG", "is", "an", "essential", "component", "of", "the", "pulmonary", "surfactant", ",", "and", "as", "multiple", "lipids", "of", "the", "same", "class", "were", "affected", ",", "a", "disruption", "of", "the", "normal", "BAL", "physical", "properties", "is", "likely", "." ]	[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", "to", "BAL", "’s", "lipid", "profiles", ",", "no", "statistical", "differences", "were", "identified", "between", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "by", "lipidomic", "analysis", "of", "the", "perfused", "total", "lung", "tissue", "(", "S1A", "–", "S1C", "Fig", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "findings", ",", "in", "summary", ",", "indicate", "that", "LAMP3", "deficiency", "leads", "to", "subtle", "but", "statistically", "significant", "changes", "in", "the", "lipidome", "and", "particularly", "surfactant-relevant", "lipids", "of", "the", "BAL", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "Three-dimensional", "principal", "component", "analysis", "(", "PCA", ")", "loadings", "plot", "of", "the", "BAL", "lipidome", "of", "wild", "type", "(", "black", ")", "and", "Lamp3", "(", "green", ")", "mice", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Organism", "O" ]
[ "Each", "point", "represents", "one", "individual", "animal", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Arrows", "show", "the", "10", "lipid", "species", "with", "the", "strongest", "effect", "across", "all", "principal", "components", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ellipses", "show", "the", "95", "%", "confidence", "interval", "of", "the", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "PC1", "to", "PC3", "explain", "65", "%", "of", "the", "variability", "in", "the", "data", "set", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hierarchical", "clustering", "of", "140", "lipid", "species", "(", "of", "208", "after", "application", "of", "a", "90", "%", "occupation", "threshold", ")", "identified", "in", "eight", "wild", "type", "and", "seven", "Lamp3", "mice", "BAL", "fluid", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "row", "represents", "a", "lipid", "species", "and", "each", "column", "a", "sample", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Red", "boxes", "indicate", "enlarged", "selections", "(", "C2", ")", "and", "(", "C3", ")", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "hierarchical", "clustered", "tree", "of", "sample", "groups", "correlates", "both", "groups", "into", "two", "major", "branches", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Upper", "selected", "segment", "of", "the", "HCA", "with", "31", "lipids", "shown", "with", "a", "relative", "decrease", "to", "wildtype", "mice", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "The", "lower", "selected", "segment", "of", "the", "HCA", "was", "shown", "with", "a", "relative", "increase", "of", "7", "lipids", "to", "the", "control", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Differences", "in", "the", "BAL", "lipidome", "of", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "mutant", "using", "autoscaled", "ranges", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Samples", "are", "color-coded", "according", "to", "their", "group", ",", "black", "for", "Lamp3", "and", "green", "for", "Lamp3", "mice", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Boxplots", "show", "the", "median", "with", "the", "interquartile", "range", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Whiskers", "show", "maximum", "and", "minimum", "with", "outliers", "in", "the", "respective", "colors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Data", "is", "on", "the", "basis", "of", "mole", "percentage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "lipid", "species", "are", "shown", "with", "a", "significant", "difference", "computed", "with", "a", "two-way", "ANOVA", "." ]	[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Defects", "in", "surfactant", "homeostasis", "are", "typically", "accompanied", "by", "a", "change", "of", "the", "ultrastructure", "of", "LBs", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "This", "finding", "prompted", "the", "analysis", "of", "the", "Lamp3", "lungs", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ",", "focusing", "on", "LBs", "in", "the", "AT2", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "Lamellar", "bodies", "from", "wildtype", "mice", "had", "the", "typical", "lamellar", "appearance", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "one", "of", "the", "three", "Lamp3", "mice", "that", "were", "analyzed", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ",", "conspicuous", "lamellar", "bodies", "could", "occasionally", "be", "observed", "within", "AT2", "cells", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "They", "consisted", "of", "several", "clews", "of", "lipid", "lamellae", "and", "seemingly", "homogenous", "areas", "that", "were", "surrounded", "by", "a", "common", "limiting", "membrane", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "higher", "magnification", ",", "the", "homogenous", "areas", "also", "revealed", "lamellae", "that", "were", "not", "immediately", "obvious", "at", "lower", "magnification", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "lamellar", "bodies", "in", "the", "other", "two", "animals", "had", "a", "regular", "appearance", "comparable", "to", "the", "wildtype", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O" ]
[ "Accordingly", ",", "we", "tested", "the", "surfactant", "’s", "biophysical", "properties", "and", "functionality", "obtained", "from", "BAL", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "to", "address", "any", "functional", "relevance", "of", "such", "morphological", "alterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Surfactant", "samples", "were", "investigated", "during", "dynamic", "compression", "of", "an", "air", "bubble", "in", "a", "pulsating", "bubble", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "surface", "tension", "(", "γ", ")", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "is", "summarized", "at", "minimum", "(", "γmin", ")", "(", "Fig", "4B", ")", "and", "maximum", "(", "γmax", ")", "bubble", "size", "(", "Fig", "4C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Surfactant", "standardized", "at", "a", "phospholipid", "concentration", "of", "1.5", "mg/ml", "of", "both", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "reached", "a", "low", "physiological", "γmin", "close", "to", "0", "mN/m", "during", "the", "observational", "period", "of", "300s", ",", "respectively", "(", "Fig", "4B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "During", "the", "compression", "period", ",", "γmin", "(", "0.95", "vs", "3.6", "mN/m", ",", "median", ",", "p<0.01", ")", "and", "γmax", "(", "29.2", "vs.", "29.9", "mN/m", ",", "median", ",", "p<0.0001", ")", "in", "Lamp3", "mice", "were", "found", "to", "be", "moderatly", "lower", "compared", "to", "wild", "type", "surfactant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "Thus", "initially", ",", "γmin", "of", "samples", "from", "Lamp3", "mice", "decreased", "faster", ",", "reaching", "<", "10", "mN/m", "after", "40s", "compared", "to", "wildtype", "surfactant", "after", "80s", "(", "mean", ")", "(", "Fig", "4C", ")", ",", "indicating", "a", "slightly", "increased", "adsorption", "property", "of", "surfactant", "from", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]
[ "Transmission", "electron", "microscopy", "of", "LB", "in", "an", "alveolar", "AT2", "cells", "of", "a", "wildtype", "and", "a", "Lamp3", "mouse", "." ]	[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]
[ "Wildtype", ":", "Individual", "Lamellar", "Bodies", "are", "clearly", "discernible", "and", "separated", "(", "left", ")", ",", "containing", "continuous", "lipid", "lamellae", "(", "right", ")", "." ]	[ "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lamp3", ":", "Left", ":", "Multiple", "clews", "of", "lipid", "lamellae", "(", "white", "asterisks", ")", "are", "located", "within", "shared", "limiting", "membranes", "(", "white", "arrowheads", ")", "." ]	[ "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "space", "between", "the", "clews", "(", "black", "asterisks", ")", "is", "entirely", "filled", "with", "light", "grey", "material", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Right", ":", "enlargement", "of", "the", "boxed", "area", "indicated", "left", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Higher", "magnification", "reveals", "lamellae", "also", "inside", "the", "light", "grey", "material", ",", "which", "in", "some", "cases", "obviously", "are", "continuations", "of", "the", "darker", "stained", "lamellae", "inside", "the", "clew", "(", "top", ")", "or", "the", "stack", "of", "lamellae", "bottom", "left", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "B", ",", "C", ")", "Surface", "tension", "at", "minimum", "(", "γmin", ";", "C", ")", ")", "and", "maximum", "(", "γmax", ";", "B", ")", "bubble", "size", ",", "derived", "from", "a", "pulsating", "bubble", "surfactometer", "during", "a", "pulsating", "period", "of", "300s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Eight", "pellets", "of", "BAL", "from", "Lamp3", "and", "wild", "type", "mice", "were", "prepared", "by", "ultracentrifugation", "and", "resuspended", "in", "saline", "CaCl2", "to", "standardize", "phospholipids", "to", "1.5", "mg/ml", "each", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Phospholipid", "concentration", "was", "determined", "using", "a", "commercial", "kit", "." ]	[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Data", "are", "plotted", "as", "mean", "+", "/-SD", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Statistical", "analysis", "was", "performed", "using", "an", "unpaired", "t-test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "The", "overall", "phenotype", "of", "Lamp3", "mice", "was", "mild", "and", "did", "not", "affect", "lung", "function", "to", "the", "extent", "that", "functional", "lung", "tests", "could", "reveal", "alterations", "in", "healthy", ",", "spontaneously", "breathing", "animals", "(", "Table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", ",", "therefore", ",", "wondered", "if", "LAMP3", "is", "more", "critical", "under", "challenged", ",", "i.e.", ",", "pathological", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "applied", "a", "well-described", "model", "of", "experimental", "allergic", "asthma", "(", "Fig", "5A", ")", "that", "is", "characterized", "by", "impaired", "lung", "physiology", "arising", "on", "the", "basis", "of", "allergic", "airway", "inflammation", ",", "mucus", "hyperproduction", ",", "and", "airway", "hyperresponsiveness", "(", "AHR", ")", ",", "but", "provides", "the", "advantage", "that", "LAMP3-expressing", "AT2", "cells", "remain", "largely", "untouched", "by", "the", "induced", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analysis", "of", "the", "different", "immune-cell", "populations", "(", "macrophages", ",", "lymphocytes", ",", "neutrophils", ",", "eosinophils", ")", "infiltrating", "the", "bronchoalveolar", "lumen", "in", "diseased", "animals", "did", "not", "unveil", "any", "differences", "between", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "5B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "influenza", "virus", "infection", "has", "been", "shown", "to", "affect", "lipid", "metabolism", ",", "details", "remain", "unknown", "." ]	[ "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "we", "elucidated", "the", "kinetic", "lipid", "profiles", "of", "mice", "infected", "with", "different", "doses", "of", "influenza", "virus", "A/Puerto", "Rico/8/34", "(", "H1N1", ")", "(", "PR8", ")", "by", "measuring", "multiple", "lipid", "molecular", "species", "using", "untargeted", "lipidomic", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type" ]
[ "C57BL/6", "male", "mice", "were", "intranasally", "infected", "with", "PR8", "virus", "at", "50", "or", "500", "plaque-forming", "units", "to", "cause", "sublethal", "or", "lethal", "influenza", ",", "respectively", "." ]	[ "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O" ]
[ "Plasma", "and", "tissue", "samples", "were", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "days", "post-infection", "(", "dpi", ")", ",", "and", "comprehensive", "lipidomic", "analysis", "was", "performed", "using", "high-performance", "liquid", "chromatography", "–", "linear", "trap", "quadrupole", "–", "Orbitrap", "mass", "spectrometry", ",", "as", "well", "as", "gene", "expression", "analyses", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type" ]
[ "The", "most", "prominent", "feature", "of", "the", "lipid", "profile", "in", "lethally", "infected", "mice", "was", "the", "elevated", "plasma", "concentrations", "of", "phosphatidylethanolamines", "(", "PEs", ")", "containing", "polyunsaturated", "fatty", "acid", "(", "PUFA", ")", "at", "3", "dpi", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "the", "facilitation", "of", "PUFA-containing", "phospholipid", "production", "in", "the", "lungs", ",", "but", "not", "in", "the", "liver", ",", "was", "suggested", "by", "gene", "expression", "and", "lipidomic", "analysis", "of", "tissue", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Given", "the", "increased", "plasma", "or", "serum", "levels", "of", "PUFA-containing", "PEs", "in", "patients", "with", "other", "viral", "infections", ",", "especially", "in", "severe", "cases", ",", "the", "elevation", "of", "these", "phospholipids", "in", "circulation", "could", "be", "a", "biomarker", "of", "infection", "and", "the", "severity", "of", "infectious", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]
[ "Accumulating", "evidence", "has", "revealed", "the", "role", "of", "lipids", "in", "the", "progression", "and", "suppression", "of", "diverse", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "particular", ",", "polyunsaturated", "fatty", "acids", "(", "PUFAs", ")", "have", "received", "considerable", "attention", "for", "their", "pro-", "and", "anti-inflammatory", "actions", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Among", "PUFAs", ",", "arachidonic", "acid", "is", "one", "of", "the", "most", "important", "lipids", "because", "it", "is", "a", "precursor", "of", "downstream", "molecules", ",", "such", "as", "prostaglandins", ",", "leukotrienes", ",", "and", "thromboxanes", "." ]	[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "O", "B-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "These", "eicosanoids", "significantly", "regulate", "inflammatory", "responses", "by", "causing", "vasocontraction/vasodilation", ",", "leukocyte", "migration", ",", "platelet", "activation", ",", "etc", "." ]	[ "O", "B-Lipid", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "O", "I-Function", "B-CellType", "B-Function", "I-Function", "B-CellType", "B-Function", "I-Function", "O", "O" ]
[ "Arachidonic", "acid", "is", "hydrolyzed", "from", "intracellular", "phospholipids", "by", "phospholipases", "including", "cytoplasmic", "phospholipase", "2", "(", "cPLA2", ")", "." ]	[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Function", "O", "B-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein" ]
[ "Notably", ",", "cPLA2", "activation", "by", "infection", "with", "viruses", ",", "such", "as", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "human", "cytomegalovirus", ",", "respiratory", "syncytial", "virus", ",", "and", "influenza", "virus", ",", "can", "induce", "increased", "production", "of", "free", "arachidonic", "acid", "." ]	[ "O", "O", "B-Protein", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "Since", "cPLA2", "deficiency", "prevents", "pneumonia", "caused", "by", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "(", "SARS-CoV", ")", "infection", "and", "experimental", "autoimmune", "encephalomyelitis", "in", "mouse", "models", ",", "the", "arachidonic", "acid", "cascade", "may", "be", "critically", "involved", "in", "the", "pathogenesis", "of", "various", "inflammatory", "diseases", "." ]	[ "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "B-Disease", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Function", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]
[ "Unlike", "arachidonic", "acid", ",", "docosahexaenoic", "acid", "(", "DHA", ")", "and", "eicosapentaenoic", "acid", "(", "EPA", ")", "have", "been", "studied", "for", "their", "anti-inflammatory", "effects", ";", "both", "DHA", "and", "EPA", "decrease", "the", "production", "of", "inflammatory", "cytokines", "and", "prostaglandins", "and", "inhibit", "the", "endotoxin-induced", "inflammatory", "cascade", "." ]	[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Function", "O", "O" ]

[ "n", "=", "4", "(", "per", "genotype", ")", ";", "*", "*", "*", "=", "p", "≤", "0.001", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunohistochemistry", "staining", "of", "lung", "sections", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "with", "an", "antibody", "specific", "for", "LAMP3", ".", "(" ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O" ]

[ "Genotype", "distribution", "of", "the", "litters", "from", "heterozygote", "Lamp3breeding", "pairs", "after", "weaning", "(", "3–4", "weeks", "after", "birth", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "N", "=", "208", "individuals", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Left", ":", "Hematoxylin", "/", "Eosin", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "Right", ":", "Toluidine", "blue", "staining", "of", "plastic-embedded", "semi-thin", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "Photos", "of", "the", "inflated", "lungs", "of", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "Lung", "volume/body", "weight", "ratio", "of", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "number", "of", "inflammatory", "cells", "(", "lymphocytes", ",", "neutrophils", ",", "eosinophils", ",", "and", "macrophages", ")", "in", "the", "BAL", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ";", "0.05", ";", "*", "=", "p", "≤", "0.05", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "lung", "function", "analysis", "revealed", "no", "abnormalities", "in", "the", "breathing", "pattern", "of", "Lamp3", "mice", "regarding", "the", "frequency", ",", "flow", ",", "volume", ",", "and", "time", "parameters", "as", "non-invasively", "assessed", "in", "spontaneously", "breathing", "animals", "as", "well", "as", "for", "airway", "resistance", "and", "compliance", "as", "recorded", "invasively", "in", "relaxed", ",", "ventilated", "animals", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analysis", "of", "the", "BAL", "cellular", "composition", "revealed", "a", "tendency", "towards", "a", "higher", "number", "of", "lymphocytes", "and", "neutrophils", "in", "Lamp3", "mice", ",", "which", ",", "however", ",", "did", "not", "reach", "statistical", "significance", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "number", "of", "macrophages", "was", "moderately", "increased", "in", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "1L", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Airway", "resistance", "(", "RI", ")", "and", "dynamic", "compliance", "were", "measured", "in", "anesthetized", "and", "ventilated", "mice", "using", "FinePointe", "RC", "Units", "." ]

[ "B-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Midexpiratory", "flow", "(", "EF50", ")", ",", "frequency", "(", "f", ")", ",", "functional", "residual", "capacity", "(", "Frc", ")", ",", "minute", "volume", "(", "MV", ")", ",", "peak", "expiratory", "flow", "(", "PEF", ")", ",", "peak", "inspiratory", "flow", "(", "PIF", ")", ",", "expiration", "time", "(", "Te", ")", ",", "inspiration", "time", "(", "Ti", ")", ",", "and", "tidal", "volume", "(", "TV", ")", "were", "measured", "in", "conscious", ",", "spontaneously", "breathing", "mice", "using", "FinePointe", "non-invasive", "airway", "mechanics", "(", "NAM", ")", "double", "chamber", "plethysmography", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "Values", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "7", "per", "genotype", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "reasoned", "that", "a", "lack", "of", "LAMP3", "might", "affect", "the", "levels", "of", "the", "surfactant", "proteins", "SP-B", "and", "SP-C", ",", "major", "components", "of", "the", "LB-stored-", "and", "secreted", "surfactant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O" ]

[ "Indeed", ",", "quantitative", "PCR", "analysis", "revealed", "reduced", "levels", "of", "Sftpb", "transcript", "and", "a", "similar", "trend", "(", "though", "not", "statistically", "significant", ")", "for", "Sftpc", "in", "total", "lung", "RNA", "(", "Fig", "2A", ")", "of", "Lamp3", "knockout", "mice", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "immunoblot", "analysis", "of", "lung", "tissue", "lysates", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "SP-B", "and", "SP-C", "showed", "normal", "levels", "of", "pro-SP-B", "and", "a", "striking", "increase", "in", "the", "levels", "of", "pro-SP-C", ",", "the", "immature", "pro-form", "of", "SP-C", ",", "indicating", "a", "critical", "role", "of", "LAMP3", "in", "the", "biosynthesis", "or", "turnover", "of", "SP-C", "(", "Fig", "2B", "and", "2C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "levels", "of", "mature", "SP-B", "were", "also", "significantly", "increased", ",", "though", "only", "to", "a", "moderate", "level", "compared", "to", "the", "increase", "in", "SP-C.", "(", "A", ")", "Quantitative", "real-time", "PCR", "of", "total", "RNA", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "SP-B", "and", "SP-C.", "The", "expression", "was", "normalized", "to", "the", "housekeeping", "gene", "RPL32", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "O" ]

[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ",", "ns", "=", "not", "significant", ";", "*", "*", "=", "p", "≤", "0.01", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Representative", "immunoblots", "of", "lung", "tissue", "lysates", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "pro-SP-C", ",", "pro-SP-B", ",", "and", "mature", "SP-B.", "Actin", "is", "depicted", "as", "a", "loading", "control", ".", "(" ]

[ "O", "B-Assay Type", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Quantification", "of", "immunoblots", "for", "pro-SP-C", ",", "pro-SP-B", ",", "and", "mature", "SP-B", "normalized", "to", "Actin", "as", "a", "loading", "control", "." ]

[ "O", "O", "B-Assay Type", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "average", "of", "the", "wildtype", "group", "was", "set", "as", "“", "1", "”", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "n", "=", "8", "(", "per", "genotype", ")", ";", "ns", "=", "not", "significant", ";", "*", "*", "*", "=", "p", "≤", "0.001", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunofluorescence", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "adult", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "for", "ABCA3", "and", "mature", "SP-B", "(", "green", ")", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nuclei", "are", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunofluorescence", "analysis", "on", "lung", "sections", "from", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "revealed", "no", "major", "differences", "in", "the", "staining", "pattern", "of", "the", "essential", "LB", "proteins", "ABCA3", "or", "mature", "SP-B.", "Both", "proteins", "localized", "in", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "to", "ring-like", "structures", "of", "AT2", "cells", ",", "representing", "LBs", "as", "determined", "by", "high-resolution", "fluorescence", "microscopy", "(", "Fig", "2D", ")", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Given", "the", "apparent", "differences", "in", "SP-C", "levels", "and", "mature", "SP-B", "in", "protein", "extracts", "of", "lung", "tissue", "lysates", ",", "we", "next", "analyzed", "the", "lipid", "composition", "of", "the", "BAL", "and", "total", "lung", "homogenates", "by", "a", "semi-targeted", "shotgun", "lipidomics", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "After", "shotgun", "lipidomics", ",", "a", "total", "of", "208", "different", "lipid", "species", "in", "the", "BAL", "were", "quantified", "." ]

[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "We", "first", "determined", "if", "the", "two", "groups", "(", "wildtype", "and", "Lamp3", "BAL", "lipids", ")", "could", "be", "separated", "by", "analyzing", "the", "lipidomics", "dataset", "by", "unsupervised", "principal", "component", "analysis", "(", "PCA", ")", "(", "Fig", "3A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "apparent", "separation", "was", "characterized", "by", "increased", "PGs", "and", "LPG", "levels", "in", "the", "wildtype", "while", "SMs", "are", "increased", "in", "the", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "To", "gain", "better", "insight", "into", "the", "perturbations", "on", "the", "lipid", "species", "level", ",", "we", "further", "applied", "hierarchical", "clustering", "(", "Fig", "3B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "conjunction", "with", "the", "PCA", ",", "wildtype", "and", "Lamp3", "mouse", "BAL", "lipid", "profiles", "were", "clearly", "distinguished", "by", "the", "underlying", "Spearman", "Rank", "correlation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "According", "to", "the", "genotype", ",", "the", "abundance", "of", "lipid", "species", "correlated", "for", "PG", ",", "LPG", ",", "and", "DAG", ",", "showing", "a", "relative", "increase", "in", "wildtype", "mice", ",", "which", "was", "also", "confirmed", "by", "statistical", "analysis", "for", "the", "selected", "indicated", "lipids", "species", "(", "Fig", "3C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "PI", "and", "LPI", "were", "decreased", "in", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "Notably", ",", "PG", "is", "an", "essential", "component", "of", "the", "pulmonary", "surfactant", ",", "and", "as", "multiple", "lipids", "of", "the", "same", "class", "were", "affected", ",", "a", "disruption", "of", "the", "normal", "BAL", "physical", "properties", "is", "likely", "." ]

[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", "to", "BAL", "’s", "lipid", "profiles", ",", "no", "statistical", "differences", "were", "identified", "between", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "by", "lipidomic", "analysis", "of", "the", "perfused", "total", "lung", "tissue", "(", "S1A", "–", "S1C", "Fig", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", ",", "in", "summary", ",", "indicate", "that", "LAMP3", "deficiency", "leads", "to", "subtle", "but", "statistically", "significant", "changes", "in", "the", "lipidome", "and", "particularly", "surfactant-relevant", "lipids", "of", "the", "BAL", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "Three-dimensional", "principal", "component", "analysis", "(", "PCA", ")", "loadings", "plot", "of", "the", "BAL", "lipidome", "of", "wild", "type", "(", "black", ")", "and", "Lamp3", "(", "green", ")", "mice", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "B-Organism", "O" ]

[ "Each", "point", "represents", "one", "individual", "animal", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Arrows", "show", "the", "10", "lipid", "species", "with", "the", "strongest", "effect", "across", "all", "principal", "components", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ellipses", "show", "the", "95", "%", "confidence", "interval", "of", "the", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PC1", "to", "PC3", "explain", "65", "%", "of", "the", "variability", "in", "the", "data", "set", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hierarchical", "clustering", "of", "140", "lipid", "species", "(", "of", "208", "after", "application", "of", "a", "90", "%", "occupation", "threshold", ")", "identified", "in", "eight", "wild", "type", "and", "seven", "Lamp3", "mice", "BAL", "fluid", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "row", "represents", "a", "lipid", "species", "and", "each", "column", "a", "sample", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Red", "boxes", "indicate", "enlarged", "selections", "(", "C2", ")", "and", "(", "C3", ")", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "hierarchical", "clustered", "tree", "of", "sample", "groups", "correlates", "both", "groups", "into", "two", "major", "branches", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Upper", "selected", "segment", "of", "the", "HCA", "with", "31", "lipids", "shown", "with", "a", "relative", "decrease", "to", "wildtype", "mice", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "The", "lower", "selected", "segment", "of", "the", "HCA", "was", "shown", "with", "a", "relative", "increase", "of", "7", "lipids", "to", "the", "control", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Differences", "in", "the", "BAL", "lipidome", "of", "wild", "type", "and", "Lamp3", "mice", "mutant", "using", "autoscaled", "ranges", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Samples", "are", "color-coded", "according", "to", "their", "group", ",", "black", "for", "Lamp3", "and", "green", "for", "Lamp3", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Boxplots", "show", "the", "median", "with", "the", "interquartile", "range", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whiskers", "show", "maximum", "and", "minimum", "with", "outliers", "in", "the", "respective", "colors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "is", "on", "the", "basis", "of", "mole", "percentage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "lipid", "species", "are", "shown", "with", "a", "significant", "difference", "computed", "with", "a", "two-way", "ANOVA", "." ]

[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "Defects", "in", "surfactant", "homeostasis", "are", "typically", "accompanied", "by", "a", "change", "of", "the", "ultrastructure", "of", "LBs", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "This", "finding", "prompted", "the", "analysis", "of", "the", "Lamp3", "lungs", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ",", "focusing", "on", "LBs", "in", "the", "AT2", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Gene", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "Lamellar", "bodies", "from", "wildtype", "mice", "had", "the", "typical", "lamellar", "appearance", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "one", "of", "the", "three", "Lamp3", "mice", "that", "were", "analyzed", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ",", "conspicuous", "lamellar", "bodies", "could", "occasionally", "be", "observed", "within", "AT2", "cells", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "They", "consisted", "of", "several", "clews", "of", "lipid", "lamellae", "and", "seemingly", "homogenous", "areas", "that", "were", "surrounded", "by", "a", "common", "limiting", "membrane", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "higher", "magnification", ",", "the", "homogenous", "areas", "also", "revealed", "lamellae", "that", "were", "not", "immediately", "obvious", "at", "lower", "magnification", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "lamellar", "bodies", "in", "the", "other", "two", "animals", "had", "a", "regular", "appearance", "comparable", "to", "the", "wildtype", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O" ]

[ "Accordingly", ",", "we", "tested", "the", "surfactant", "’s", "biophysical", "properties", "and", "functionality", "obtained", "from", "BAL", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "to", "address", "any", "functional", "relevance", "of", "such", "morphological", "alterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Surfactant", "samples", "were", "investigated", "during", "dynamic", "compression", "of", "an", "air", "bubble", "in", "a", "pulsating", "bubble", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "surface", "tension", "(", "γ", ")", "of", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "is", "summarized", "at", "minimum", "(", "γmin", ")", "(", "Fig", "4B", ")", "and", "maximum", "(", "γmax", ")", "bubble", "size", "(", "Fig", "4C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Surfactant", "standardized", "at", "a", "phospholipid", "concentration", "of", "1.5", "mg/ml", "of", "both", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "reached", "a", "low", "physiological", "γmin", "close", "to", "0", "mN/m", "during", "the", "observational", "period", "of", "300s", ",", "respectively", "(", "Fig", "4B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "During", "the", "compression", "period", ",", "γmin", "(", "0.95", "vs", "3.6", "mN/m", ",", "median", ",", "p<0.01", ")", "and", "γmax", "(", "29.2", "vs.", "29.9", "mN/m", ",", "median", ",", "p<0.0001", ")", "in", "Lamp3", "mice", "were", "found", "to", "be", "moderatly", "lower", "compared", "to", "wild", "type", "surfactant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "Thus", "initially", ",", "γmin", "of", "samples", "from", "Lamp3", "mice", "decreased", "faster", ",", "reaching", "<", "10", "mN/m", "after", "40s", "compared", "to", "wildtype", "surfactant", "after", "80s", "(", "mean", ")", "(", "Fig", "4C", ")", ",", "indicating", "a", "slightly", "increased", "adsorption", "property", "of", "surfactant", "from", "Lamp3", "mice", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O" ]

[ "Transmission", "electron", "microscopy", "of", "LB", "in", "an", "alveolar", "AT2", "cells", "of", "a", "wildtype", "and", "a", "Lamp3", "mouse", "." ]

[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]

[ "Wildtype", ":", "Individual", "Lamellar", "Bodies", "are", "clearly", "discernible", "and", "separated", "(", "left", ")", ",", "containing", "continuous", "lipid", "lamellae", "(", "right", ")", "." ]

[ "B-Organism Variant", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lamp3", ":", "Left", ":", "Multiple", "clews", "of", "lipid", "lamellae", "(", "white", "asterisks", ")", "are", "located", "within", "shared", "limiting", "membranes", "(", "white", "arrowheads", ")", "." ]

[ "B-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "space", "between", "the", "clews", "(", "black", "asterisks", ")", "is", "entirely", "filled", "with", "light", "grey", "material", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Right", ":", "enlargement", "of", "the", "boxed", "area", "indicated", "left", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Higher", "magnification", "reveals", "lamellae", "also", "inside", "the", "light", "grey", "material", ",", "which", "in", "some", "cases", "obviously", "are", "continuations", "of", "the", "darker", "stained", "lamellae", "inside", "the", "clew", "(", "top", ")", "or", "the", "stack", "of", "lamellae", "bottom", "left", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "B", ",", "C", ")", "Surface", "tension", "at", "minimum", "(", "γmin", ";", "C", ")", ")", "and", "maximum", "(", "γmax", ";", "B", ")", "bubble", "size", ",", "derived", "from", "a", "pulsating", "bubble", "surfactometer", "during", "a", "pulsating", "period", "of", "300s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Eight", "pellets", "of", "BAL", "from", "Lamp3", "and", "wild", "type", "mice", "were", "prepared", "by", "ultracentrifugation", "and", "resuspended", "in", "saline", "CaCl2", "to", "standardize", "phospholipids", "to", "1.5", "mg/ml", "each", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Phospholipid", "concentration", "was", "determined", "using", "a", "commercial", "kit", "." ]

[ "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "are", "plotted", "as", "mean", "+", "/-SD", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Statistical", "analysis", "was", "performed", "using", "an", "unpaired", "t-test", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]

[ "The", "overall", "phenotype", "of", "Lamp3", "mice", "was", "mild", "and", "did", "not", "affect", "lung", "function", "to", "the", "extent", "that", "functional", "lung", "tests", "could", "reveal", "alterations", "in", "healthy", ",", "spontaneously", "breathing", "animals", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", ",", "therefore", ",", "wondered", "if", "LAMP3", "is", "more", "critical", "under", "challenged", ",", "i.e.", ",", "pathological", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "applied", "a", "well-described", "model", "of", "experimental", "allergic", "asthma", "(", "Fig", "5A", ")", "that", "is", "characterized", "by", "impaired", "lung", "physiology", "arising", "on", "the", "basis", "of", "allergic", "airway", "inflammation", ",", "mucus", "hyperproduction", ",", "and", "airway", "hyperresponsiveness", "(", "AHR", ")", ",", "but", "provides", "the", "advantage", "that", "LAMP3-expressing", "AT2", "cells", "remain", "largely", "untouched", "by", "the", "induced", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analysis", "of", "the", "different", "immune-cell", "populations", "(", "macrophages", ",", "lymphocytes", ",", "neutrophils", ",", "eosinophils", ")", "infiltrating", "the", "bronchoalveolar", "lumen", "in", "diseased", "animals", "did", "not", "unveil", "any", "differences", "between", "wildtype", "and", "Lamp3", "mice", "(", "Fig", "5B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "influenza", "virus", "infection", "has", "been", "shown", "to", "affect", "lipid", "metabolism", ",", "details", "remain", "unknown", "." ]

[ "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "we", "elucidated", "the", "kinetic", "lipid", "profiles", "of", "mice", "infected", "with", "different", "doses", "of", "influenza", "virus", "A/Puerto", "Rico/8/34", "(", "H1N1", ")", "(", "PR8", ")", "by", "measuring", "multiple", "lipid", "molecular", "species", "using", "untargeted", "lipidomic", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type" ]

[ "C57BL/6", "male", "mice", "were", "intranasally", "infected", "with", "PR8", "virus", "at", "50", "or", "500", "plaque-forming", "units", "to", "cause", "sublethal", "or", "lethal", "influenza", ",", "respectively", "." ]

[ "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O" ]

[ "Plasma", "and", "tissue", "samples", "were", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "days", "post-infection", "(", "dpi", ")", ",", "and", "comprehensive", "lipidomic", "analysis", "was", "performed", "using", "high-performance", "liquid", "chromatography", "–", "linear", "trap", "quadrupole", "–", "Orbitrap", "mass", "spectrometry", ",", "as", "well", "as", "gene", "expression", "analyses", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type" ]

[ "The", "most", "prominent", "feature", "of", "the", "lipid", "profile", "in", "lethally", "infected", "mice", "was", "the", "elevated", "plasma", "concentrations", "of", "phosphatidylethanolamines", "(", "PEs", ")", "containing", "polyunsaturated", "fatty", "acid", "(", "PUFA", ")", "at", "3", "dpi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "facilitation", "of", "PUFA-containing", "phospholipid", "production", "in", "the", "lungs", ",", "but", "not", "in", "the", "liver", ",", "was", "suggested", "by", "gene", "expression", "and", "lipidomic", "analysis", "of", "tissue", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Given", "the", "increased", "plasma", "or", "serum", "levels", "of", "PUFA-containing", "PEs", "in", "patients", "with", "other", "viral", "infections", ",", "especially", "in", "severe", "cases", ",", "the", "elevation", "of", "these", "phospholipids", "in", "circulation", "could", "be", "a", "biomarker", "of", "infection", "and", "the", "severity", "of", "infectious", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]

[ "Accumulating", "evidence", "has", "revealed", "the", "role", "of", "lipids", "in", "the", "progression", "and", "suppression", "of", "diverse", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "particular", ",", "polyunsaturated", "fatty", "acids", "(", "PUFAs", ")", "have", "received", "considerable", "attention", "for", "their", "pro-", "and", "anti-inflammatory", "actions", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Among", "PUFAs", ",", "arachidonic", "acid", "is", "one", "of", "the", "most", "important", "lipids", "because", "it", "is", "a", "precursor", "of", "downstream", "molecules", ",", "such", "as", "prostaglandins", ",", "leukotrienes", ",", "and", "thromboxanes", "." ]

[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "B-Metabolite", "I-Metabolite", "O", "B-Lipid", "I-Lipid" ]

[ "These", "eicosanoids", "significantly", "regulate", "inflammatory", "responses", "by", "causing", "vasocontraction/vasodilation", ",", "leukocyte", "migration", ",", "platelet", "activation", ",", "etc", "." ]

[ "O", "B-Lipid", "O", "B-Function", "I-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "O", "I-Function", "B-CellType", "B-Function", "I-Function", "B-CellType", "B-Function", "I-Function", "O", "O" ]

[ "Arachidonic", "acid", "is", "hydrolyzed", "from", "intracellular", "phospholipids", "by", "phospholipases", "including", "cytoplasmic", "phospholipase", "2", "(", "cPLA2", ")", "." ]

[ "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Function", "O", "B-Lipid", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein" ]

[ "Notably", ",", "cPLA2", "activation", "by", "infection", "with", "viruses", ",", "such", "as", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "human", "cytomegalovirus", ",", "respiratory", "syncytial", "virus", ",", "and", "influenza", "virus", ",", "can", "induce", "increased", "production", "of", "free", "arachidonic", "acid", "." ]

[ "O", "O", "B-Protein", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]

[ "Since", "cPLA2", "deficiency", "prevents", "pneumonia", "caused", "by", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "(", "SARS-CoV", ")", "infection", "and", "experimental", "autoimmune", "encephalomyelitis", "in", "mouse", "models", ",", "the", "arachidonic", "acid", "cascade", "may", "be", "critically", "involved", "in", "the", "pathogenesis", "of", "various", "inflammatory", "diseases", "." ]

[ "O", "B-Protein", "O", "B-Function", "B-Disease", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "I-Organism", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "B-Function", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]

[ "Unlike", "arachidonic", "acid", ",", "docosahexaenoic", "acid", "(", "DHA", ")", "and", "eicosapentaenoic", "acid", "(", "EPA", ")", "have", "been", "studied", "for", "their", "anti-inflammatory", "effects", ";", "both", "DHA", "and", "EPA", "decrease", "the", "production", "of", "inflammatory", "cytokines", "and", "prostaglandins", "and", "inhibit", "the", "endotoxin-induced", "inflammatory", "cascade", "." ]

[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "B-Function", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Lipid", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Function", "O", "O" ]