Datasets:
Mardiyyah
/
BioHackathon_25_IOB_V1

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
tokens
listlengths
1
168
tags
listlengths
1
168
[ "Under", "these", "experimental", "conditions", ",", "comprehensive", "lipidome", "analyses", "were", "further", "performed", "to", "explore", "lipid", "profiles", "associated", "with", "influenza", "virus", "infection", ",", "particularly", "in", "the", "severe", "case", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Untargeted", "lipidome", "analyses", "were", "performed", "on", "the", "plasma", "samples", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "dpi", "by", "the", "HPLC", "–", "LTQ", "–", "Orbitrap", "MS", ",", "and", "297", "lipid", "molecular", "species", "were", "identified", "after", "confirming", "their", "MS/MS", "spectra", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O" ]
[ "The", "lipid", "molecular", "species", "from", "major", "lipid", "classes", "included", "148", "phospholipids", "[", "25", "phosphatidylcholines", "(", "PC", ")", ",", "50", "phosphatidylethanolamines", "(", "PE", ")", ",", "2", "phosphatidic", "acids", "(", "PA", ")", ",", "6", "phosphatidylethanols", "(", "PEtOH", ")", ",", "1", "phosphatidylmethanol", "(", "PmeOH", ")", ",", "17", "phosphatidylglycerols", "(", "PG", ")", ",", "22", "phosphatidylinositols", "(", "PI", ")", ",", "and", "15", "phosphatidylserines", "(", "PS", ")", ",", "8", "cardiolipins", "(", "CL", ")", "and", "2", "monolysocardiolipins", "(", "MLCL", ")", "]", ",", "45", "lysophospholipids", "[", "18", "lysophosphatidylcholines", "(", "LPC", ")", ",", "13", "lysophosphatidylethanolamines", "(", "LPE", ")", ",", "1", "lysophosphatidic", "acid", "(", "LPA", ")", ",", "2", "lysophosphatidylglycerols", "(", "LPG", ")", ",", "8", "lysophosphatidylinositols", "(", "LPI", ")", ",", "and", "3", "lysophosphatidylserines", "(", "LPS", ")", "]", ",", "23", "free", "fatty", "acids", "(", "FAs", ")", ",", "45", "sphingolipids", "[", "24", "ceramides", "(", "CER", ")", ",", "7", "hexosylceramides", "(", "HexCER", ")", ",", "and", "14", "sphingomyelins", "(", "SM", ")", "]", ",", "6", "cholesteryl", "esters", "(", "CE", ")", ",", "20", "triacylglycerols", "(", "TG", ")", ",", "and", "10", "diacylglycerols", "(", "DG", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "Elution", "profiles", "and", "plasma", "concentrations", "of", "the", "annotated", "lipids", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Fig.", "S1", "and", "Supplementary", "Table", "S1", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "plasma", "lipid", "concentrations", "of", "each", "category", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig.", "S2", "." ]
[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Infected", "mice", "demonstrated", "increased", "PC", ",", "PE", ",", "and", "PG", "at", "3", "dpi", "(", "Supplementary", "Fig.", "S2a", ")", ",", "increased", "lysophospholipids", "at", "3", "and", "6", "dpi", "(", "Supplementary", "Fig.", "S2b", ")", ",", "increased", "FA", "at", "3", "dpi", "and", "decreased", "TG", "and", "DG", "at", "3", "and", "6", "dpi", "(", "Supplementary", "Fig.", "S2c", ")", "." ]
[ "O", "B-Organism", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "increased", "LPC", "and", "LPI", ",", "and", "decreased", "TG", "and", "DG", "were", "also", "observed", "in", "sublethally", "infected", "mice", ",", "the", "elevation", "of", "phospholipids", "at", "3", "dpi", "appeared", "to", "be", "specifically", "associated", "with", "lethal", "infection", "." ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "sPLS-DA", "revealed", "the", "characteristics", "of", "the", "effect", "of", "disease", "stages", "and", "infection", "conditions", ",", "sublethal", "(", "50", "PFU", ")", "and", "lethal", "(", "500", "PFU", ")", ",", "on", "the", "lipid", "profile", "in", "the", "plasma", "(", "Fig.", "2a", ")", "." ]
[ "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "6", "dpi", ",", "comparable", "effects", "of", "PR8", "virus", "infection", "under", "both", "conditions", "on", "plasma", "lipids", "were", "observed", ",", "as", "indicated", "by", "similar", "high", "values", "of", "component", "1", "scores", "of", "the", "groups", "in", "the", "plots", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "On", "the", "other", "hand", ",", "at", "3", "dpi", ",", "an", "increase", "in", "the", "component", "2", "score", "was", "observed", "uniquely", "in", "the", "mice", "infected", "under", "the", "lethal", "condition", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Top", "20", "features", "based", "on", "variable", "importance", "for", "prediction", "(", "VIP", ")", "scores", "for", "components", "1", "and", "2", "are", "listed", "in", "Fig.", "2b", "and", "c", ",", "respectively", ",", "and", "the", "individual", "concentrations", "of", "top", "5", "lipids", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig.", "S3.Figure", "2sPLS-DA", "of", "plasma", "lipidome", "data", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Male", "C57BL/6", "mice", "were", "intranasally", "inoculated", "with", "PBS", "control", "or", "PBS", "comprising", "PR8", "virus", "(", "50", "or", "500", "PFU", ")", ",", "and", "lipidome", "analyses", "determined", "the", "concentrations", "of", "297", "molecules", "in", "the", "plasma", "samples", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "dpi", "(", "n", "=", "5", "mice", ")", "." ]
[ "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "data", "filtering", "on", "the", "basis", "of", "relative", "standard", "deviation", ",", "the", "remaining", "222", "values", "were", "then", "log-transformed", "and", "normalized", "by", "the", "autoscaling", "function", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "sparse", "partial", "least", "squares", "discriminant", "analysis", "(", "sPLS-DA", ")", "was", "performed", "with", "20", "normalized", "lipid", "levels", "in", "the", "plasma", "as", "variables", "to", "calculate", "variable", "importance", "in", "projection", "scores", "for", "components", "1", "and", "2", ".", "(" ]
[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "score", "plot", "between", "component", "1", "and", "component", "2", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Dots", "represent", "samples", "and", "circles", "represent", "the", "95", "%", "confidence", "region", "for", "each", "treatment", "group", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", ",", "c", ")", "Variable", "importance", "for", "prediction", "(", "VIP", ")", "scores", "for", "(", "b", ")", "component", "1", "and", "(", "c", ")", "component", "2", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "colored", "boxes", "on", "the", "right", "indicate", "relative", "values", "of", "the", "features", "in", "each", "group", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "PR8", "influenza", "virus", "A/Puerto", "Rico/8/34", ",", "PFU", "plaque-forming-unit", ",", "dpi", "day-post-infection", ",", "PA", "phosphatidic", "acid", ",", "PC", "phosphatidylcholine", ",", "PE", "phosphatidylethanolamine", ",", "PI", "phosphatidylinositol", ",", "PS", "phosphatidylserine", ",", "LPE", "lysophosphatidylethanolamine", ",", "Cer", "ceramide", ",", "TG", "triacylglycerol", "." ]
[ "B-Organism Variant", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "sPLS-DA", "of", "plasma", "lipidome", "data", "." ]
[ "B-Assay Type", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Male", "C57BL/6", "mice", "were", "intranasally", "inoculated", "with", "PBS", "control", "or", "PBS", "comprising", "PR8", "virus", "(", "50", "or", "500", "PFU", ")", ",", "and", "lipidome", "analyses", "determined", "the", "concentrations", "of", "297", "molecules", "in", "the", "plasma", "samples", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "dpi", "(", "n", "=", "5", "mice", ")", "." ]
[ "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism" ]
[ "After", "data", "filtering", "on", "the", "basis", "of", "relative", "standard", "deviation", ",", "the", "remaining", "222", "values", "were", "then", "log-transformed", "and", "normalized", "by", "the", "autoscaling", "function", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "sparse", "partial", "least", "squares", "discriminant", "analysis", "(", "sPLS-DA", ")", "was", "performed", "with", "20", "normalized", "lipid", "levels", "in", "the", "plasma", "as", "variables", "to", "calculate", "variable", "importance", "in", "projection", "scores", "for", "components", "1", "and", "2", ".", "(" ]
[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "score", "plot", "between", "component", "1", "and", "component", "2", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Dots", "represent", "samples", "and", "circles", "represent", "the", "95", "%", "confidence", "region", "for", "each", "treatment", "group", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", ",", "c", ")", "Variable", "importance", "for", "prediction", "(", "VIP", ")", "scores", "for", "(", "b", ")", "component", "1", "and", "(", "c", ")", "component", "2", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "colored", "boxes", "on", "the", "right", "indicate", "relative", "values", "of", "the", "features", "in", "each", "group", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "PR8", "influenza", "virus", "A/Puerto", "Rico/8/34", ",", "PFU", "plaque-forming-unit", ",", "dpi", "day-post-infection", ",", "PA", "phosphatidic", "acid", ",", "PC", "phosphatidylcholine", ",", "PE", "phosphatidylethanolamine", ",", "PI", "phosphatidylinositol", ",", "PS", "phosphatidylserine", ",", "LPE", "lysophosphatidylethanolamine", ",", "Cer", "ceramide", ",", "TG", "triacylglycerol", "." ]
[ "B-Organism Variant", "B-Organism", "B-Organism", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "The", "clustering", "analysis", "in", "the", "heatmap", "demonstrated", "that", "lipid", "profiles", "of", "plasma", "samples", "from", "lethally", "and", "sublethally", "infected", "mice", "at", "6", "dpi", "were", "in", "the", "same", "cluster", "and", "that", "lethally", "infected", "mice", "showed", "a", "distinct", "tendency", "of", "the", "profile", "at", "3", "dpi", "(", "Fig.", "3a", ")", "." ]
[ "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", "to", "multivariate", "analysis", ",", "univariate", "analysis", "on", "lipidome", "data", "also", "suggested", "a", "unique", "tendency", "of", "the", "lipid", "profile", "of", "lethally", "infected", "mice", "at", "3", "dpi", "(", "Supplementary", "Fig.", "S4", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Considering", "the", "alteration", "pattern", "by", "infection", "severity", "and", "disease", "stage", ",", "lipid", "molecules", "were", "classified", "to", "3", "groups", ";", "Group", "1", ",", "increased", "at", "6", "dpi", "under", "both", "infection", "conditions", ";", "Group", "2", ",", "increased", "uniquely", "at", "3", "dpi", "by", "lethal", "infection", "and", "decreased", "at", "6", "dpi", "under", "both", "conditions", ";", "Group", "3", ",", "decreased", "under", "both", "infection", "conditions", "at", "6", "dpi", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "Group", "1", "mainly", "consisted", "of", "lysophospholipids", ",", "most", "of", "the", "lipids", "in", "Group", "2", "were", "PEs", "containing", "polyunsaturated", "fatty", "acid", "(", "PUFA", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "Group", "3", "included", "TG", "and", "DG", "as", "well", "as", "PE", ",", "PC", ",", "and", "PI", "containing", "monounsaturated", "fatty", "acid", "(", "MUFA", ")", "containing", "phospholipids", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "Figure", "3Heatmap", "analysis", "of", "plasma", "lipidome", "data", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Male", "C57BL/6", "mice", "were", "intranasally", "inoculated", "with", "PBS", "control", "or", "PBS", "comprising", "PR8", "virus", "(", "50", "or", "500", "PFU", ")", ",", "and", "lipidome", "analyses", "determined", "the", "concentrations", "of", "297", "molecules", "in", "the", "plasma", "samples", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "dpi", "(", "n", "=", "5", "mice", ")", "." ]
[ "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism" ]
[ "After", "data", "filtering", "on", "the", "basis", "of", "relative", "standard", "deviation", ",", "the", "remaining", "222", "values", "were", "then", "log-transformed", "and", "normalized", "by", "the", "autoscaling", "function", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Within", "them", ",", "169", "significant", "features", "were", "found", ";", "false", "discovery", "rate", "(", "FDR", ")", "<", "0.01", ",", "one-way", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Utilizing", "the", "top", "100", "lipids", "with", "the", "lowest", "FDR", "values", ",", "heatmap", "analysis", "with", "data", "clustering", "was", "performed", "using", "Euclidean", "distance", "measuring", "and", "a", "Ward", "clustering", "algorithm", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "colored", "boxes", "indicate", "the", "relative", "values", "of", "the", "features", "in", "each", "group", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "three", "major", "clusters", "are", "shown", "in", "gray", ",", "red", ",", "and", "blue", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Concentrations", "of", "PEs", "containing", "monounsaturated", "fatty", "acid", "(", "MUFA", ";", "PE-MUFA", ")", "and", "polyunsaturated", "fatty", "acid", "(", "PUFA", ";", "PE-PUFA", ")", "and", "(", "c", ")", "the", "ratios", "of", "PE-PUFA", "to", "PE-MUFA", "are", "shown", "separately", ".", "(" ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", ",", "c", ")", "In", "each", "panel", ",", "dots", "represent", "individual", "values", ",", "the", "box", "shows", "the", "interquartile", "range", ",", "the", "horizontal", "line", "within", "the", "box", "shows", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "whiskers/vertical", "lines", "show", "maximum", "(", "top", ")", "and", "minimum", "(", "bottom", ")", "values", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "White", ",", "light", "gray", ",", "and", "dark", "gray", "boxes", "indicate", "data", "from", "PBS", "control", ",", "and", "50", "or", "500", "PFU", "of", "PR8", "virus-infected", "mice", ",", "respectively", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "O", "B-Organism", "I-Organism", "O", "O" ]
[ "Two-way", "ANOVA", "using", "a", "multiple", "comparison", "correction", ".", "(" ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "–", "c", ")", "PR8", "influenza", "virus", "A/Puerto", "Rico/8/34", ",", "PFU", "plaque-forming", "unit", ",", "dpi", "day-post-infection", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Heatmap", "analysis", "of", "plasma", "lipidome", "data", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Male", "C57BL/6", "mice", "were", "intranasally", "inoculated", "with", "PBS", "control", "or", "PBS", "comprising", "PR8", "virus", "(", "50", "or", "500", "PFU", ")", ",", "and", "lipidome", "analyses", "determined", "the", "concentrations", "of", "297", "molecules", "in", "the", "plasma", "samples", "collected", "at", "1", ",", "3", ",", "and", "6", "dpi", "(", "n", "=", "5", "mice", ")", "." ]
[ "O", "B-Organism Variant", "B-Organism", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism", "I-Organism", "I-Organism" ]
[ "After", "data", "filtering", "on", "the", "basis", "of", "relative", "standard", "deviation", ",", "the", "remaining", "222", "values", "were", "then", "log-transformed", "and", "normalized", "by", "the", "autoscaling", "function", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Within", "them", ",", "169", "significant", "features", "were", "found", ";", "false", "discovery", "rate", "(", "FDR", ")", "<", "0.01", ",", "one-way", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Dysregulated", "glycerophospholipid", "(", "GP", ")", "metabolism", "in", "the", "brain", "is", "associated", "with", "the", "progression", "of", "neurodegenerative", "diseases", "including", "Alzheimer", "’s", "disease", "(", "AD", ")", "." ]
[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Function", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]
[ "Routine", "liquid", "chromatography-mass", "spectrometry", "(LC-MS)-based", "large-scale", "lipidomic", "methods", "often", "fail", "to", "elucidate", "subtle", "yet", "important", "structural", "features", "such", "as", "sn-position", ",", "hindering", "the", "precise", "interrogation", "of", "GP", "molecules", "." ]
[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "Leveraging", "high-resolution", "demultiplexing", "(", "HRdm", ")", "ion", "mobility", "spectrometry", "(", "IMS", ")", ",", "we", "develop", "a", "four-dimensional", "(", "4D", ")", "lipidomic", "strategy", "to", "resolve", "GP", "sn-position", "isomers", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "We", "further", "construct", "a", "comprehensive", "experimental", "4D", "GP", "database", "of", "498", "GPs", "identified", "from", "the", "mouse", "brain", "and", "an", "in-depth", "extended", "4D", "library", "of", "2500", "GPs", "predicted", "by", "machine", "learning", ",", "enabling", "automated", "profiling", "of", "GPs", "with", "detailed", "acyl", "chain", "sn-position", "assignment", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "B-Assay Type", "O" ]
[ "Analyzing", "three", "mouse", "brain", "regions", "(", "hippocampus", ",", "cerebellum", ",", "and", "cortex", ")", ",", "we", "successfully", "identify", "a", "total", "of", "592", "GPs", "including", "130", "pairs", "of", "sn-position", "isomers", "." ]
[ "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "temporal", "GPs", "analysis", "in", "the", "three", "functional", "brain", "regions", "illustrates", "their", "metabolic", "alterations", "in", "AD", "progression", "." ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "O", "B-Disease", "O", "O" ]
[ "Glycerophospholipids", "(", "GPs", ")", "are", "the", "building", "blocks", "of", "cell", "membranes", "and", "play", "many", "critical", "roles", "in", "a", "wide", "variety", "of", "physiological", "processes", ",", "including", "energy", "storage", ",", "signal", "transduction", ",", "cell", "proliferation", ",", "and", "apoptosis", "." ]
[ "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "B-Function", "O" ]
[ "Consequently", ",", "GP", "composition", "is", "carefully", "regulated", "to", "ensure", "proper", "cellular", "functions", "." ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "A", "growing", "number", "of", "studies", "have", "demonstrated", "that", "dysregulation", "of", "lipid", "metabolism", "is", "associated", "with", "various", "pathologies", ",", "including", "diabetes", ",", "cancers", ",", "and", "neurodegenerative", "diseases", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "B-Disease", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]
[ "In", "particular", ",", "mounting", "evidence", "has", "implicated", "that", "the", "aberrant", "alteration", "of", "stereospecific", "numbering", "(sn)-position-specific", "GPs", "in", "terms", "of", "abundance", "or", "the", "ratio", "of", "GP/lyso-GP", "is", "closely", "related", "to", "a", "variety", "of", "cancers", "and", "neurodegenerative", "diseases", ",", "owing", "to", "homeostatic", "disruption", "of", "sn-position", "selective", "phospholipase", "and", "lysophospholipid", "acyltransferase", "enzymes", "that", "are", "involved", "in", "GP", "remodeling", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "I-Protein", "I-Protein", "O", "B-Protein", "I-Protein", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "In", "the", "central", "nervous", "system", ",", "GPs", "are", "responsible", "for", "the", "proper", "functions", "of", "synapses", ",", "receptors", ",", "transporters", ",", "neurotransmitters", ",", "and", "signaling", "processes", "." ]
[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Function", "O", "B-Protein", "O", "B-Protein", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "Accordingly", ",", "numerous", "studies", "have", "revealed", "that", "altered", "GP", "compositions", "and", "phospholipase", "enzyme", "activities", "in", "the", "brain", "region", "could", "link", "to", "neurodegeneration", "including", "Alzheimer", "’s", "disease", "(", "AD", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "B-Protein", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease", "I-Disease" ]
[ "Heterogenous", "spatial", "distribution", "and", "alteration", "of", "GPs", "have", "been", "observed", "across", "different", "functional", "regions", "in", "accordance", "with", "aging", "and", "AD", "progression", ",", "which", "could", "be", "attributed", "to", "region-specific", "pathologies", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "I-Disease", "O" ]
[ "Thus", ",", "performing", "the", "in-depth", "characterization", "of", "spatial", "and", "temporal", "sn-position-resolved", "GP", "profiles", "across", "complex", "functional", "brain", "regions", "would", "help", "to", "reveal", "and", "provide", "a", "more", "precise", "interpretation", "of", "the", "molecular", "mechanisms", "of", "AD", "progression", "underpinned", "by", "GP", "metabolism", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Disease", "O", "O", "O", "B-Function", "I-Function", "O" ]
[ "Demonstrating", "high", "sensitivity", ",", "resolution", ",", "and", "the", "capacity", "for", "structural", "characterization", ",", "mass", "spectrometry", "(", "MS", ")", "based", "strategies", ",", "either", "alone", "or", "coupled", "with", "liquid", "chromatography", "(", "LC-MS", ")", ",", "have", "become", "popular", "choices", "for", "lipid", "identification", "and", "quantification", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "lipidome-wide", "analyses", "with", "complete", "structural", "characterization", "still", "represent", "a", "long-standing", "analytical", "challenge", "in", "lipidomics", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Currently", ",", "routine", "lipidomics", "analysis", "workflows", "using", "collision-induced", "dissociation", "(CID)-based", "MS/MS", "can", "only", "identify", "GPs", "at", "the", "level", "of", "lipid", "fatty", "acyl", "compositions", ",", "but", "fail", "to", "reveal", "subtle", "yet", "important", "structural", "features", "such", "as", "C", "═", "C", "position/geometry", "and", "sn-position", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "sn-isomeric", "GPs", "are", "commonly", "present", "in", "biological", "mixtures", "in", "a", "wide", "dynamic", "range", "and", "are", "commonly", "co-eluted", "in", "LC", ",", "although", "we", "could", "assign", "the", "sn-position", "for", "the", "dominant", "GP", "component", "by", "the", "relative", "intensities", "of", "the", "two", "fatty", "acyl", "chain", "carboxylate", "anions", ",", "it", "would", "still", "be", "difficult", "to", "prove", "or", "rule", "out", "the", "presence", "of", "its", "sn-isomer", "." ]
[ "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Providing", "comprehensive", "lipid", "structural", "characterization", "hinges", "on", "the", "development", "of", "alternative", "analytical", "approaches", "that", "overcome", "the", "technical", "obstacles", "of", "traditional", "methods", "." ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "recent", "years", ",", "significant", "advances", "have", "been", "achieved", "in", "elucidating", "GP", "sn-", "and", "C", "═", "C", "location", "isomers", "by", "chemical", "derivatization", "strategies", "and/or", "different", "ion", "activation/dissociation", "techniques", "to", "generate", "structure-specific", "fragment", "ions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "include", "electron-induced", "dissociation", "(", "EID", ")", ",", "electron", "impact", "excitation", "of", "ions", "from", "organics", "(", "EIEIO", ")", ",", "ozone-induced", "dissociation", "(", "OzID", ")", ",", "ultraviolet", "photodissociation", "(", "UVPD", ")", ",", "CID", "and", "UVPD", "of", "lipid−metal", "ion", "complexes", ",", "and", "Paternò", "–", "Büchi", "(", "PB", ")", "reaction", "followed", "by", "CID", "." ]
[ "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "However", ",", "it", "is", "still", "challenging", "for", "these", "strategies", "to", "precisely", "quantify", "lipid", "isomers", ",", "primarily", "due", "to", "the", "different", "dissociation", "efficiencies", "between", "isomers", "and", "interfering", "diagnostic", "ions", "from", "co-eluting", "lipid", "species", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "powerful", "separation", "techniques", "at", "intact", "lipid", "level", "are", "needed", "to", "complement", "ion", "activation", "and", "provide", "unequivocal", "structural", "assignment", "and", "quantification", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Ion", "mobility", "spectrometry", "(", "IMS", ")", "is", "a", "rapid", "gas-phase", "separation", "technique", "in", "which", "ions", "are", "separated", "by", "size", ",", "shape", ",", "and", "charge", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Collision", "cross", "section", "(", "CCS", ")", ",", "originating", "from", "rotationally", "averaged", "measurements", "of", "the", "cross-sectional", "area", "of", "an", "analyte", "ion", "in", "the", "gas", "phase", ",", "can", "be", "directly", "correlated", "with", "the", "structure", "and", "conformation", "of", "the", "gas-phase", "ion", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Coupling", "ion", "mobility", "(IM)-MS", "with", "LC", "shows", "promise", "in", "lipid", "isomer", "separation", "and", "annotation", "by", "providing", "high", "selectivity", "across", "four", "dimensions", ":", "m/z", ",", "retention", "time", "(", "RT", ")", ",", "CCS", ",", "and", "MS/MS", "spectra", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "More", "importantly", ",", "recent", "reports", "have", "demonstrated", "that", "precise", "and", "reproducible", "lipid", "CCS", "measurement", "together", "with", "machine", "learning", "algorithms", "could", "enable", "large-scale", "lipid", "CCS", "prediction", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "Zhu", "and", "coworkers", "utilized", "support", "vector", "regression", "(", "SVR", ")", "models", "to", "predict", "the", "CCS", "values", "of", "a", "variety", "of", "lipid", "classes", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O" ]
[ "McLean", "and", "colleagues", "presented", "a", "large", ",", "unified", "CCS", "compendium", "to", "predict", "CCS", "values", "of", "compounds", "including", "810", "lipid", "species", "according", "to", "the", "relationship", "between", "CCS", "and", "m/z", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recently", ",", "Zhu", "and", "co-workers", "reported", "the", "strategy", "that", "integrated", "four-dimensional", "(", "4D", ")", "(", "m/z", ",", "RT", ",", "CCS", ",", "and", "MS/MS", ")", "library-based", "matching", "and", "rule-based", "refinement", "to", "reduce", "over-report", "and", "improve", "the", "accuracy", "of", "lipid", "identification", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "These", "current", "4D", "lipidomics", "studies", "greatly", "improved", "the", "depth", "in", "lipid", "structure", "characterization", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "However", ",", "in", "these", "studies", "that", "utilized", "rule-based", "refinement", "for", "in-depth", "lipid", "analysis", ",", "only", "a", "part", "of", "GP", "species", "was", "roughly", "identified", "at", "fatty", "acyl", "sn-position", "level", "and", "the", "existence", "of", "sn-position", "isomers", "was", "largely", "ignored", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Specifically", ",", "in", "the", "rule", "set", "for", "lipid", "identification", ",", "GP", "species", "from", "each", "extracted", "peak", "was", "assigned", "to", "only", "one", "of", "the", "sn-isomer", "pairs", "if", "the", "intensity", "ratio", "of", "sn-1/sn−2", "was", "<", "0.9", "in", "negative", "ion", "mode", ",", "while", "the", "existence", "of", "corresponding", "sn-isomers", "was", "ignored", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "the", "identification", "of", "GP", "was", "still", "at", "fatty", "acyl", "level", "when", "the", "intensity", "ratio", "of", "sn-1/sn−2", "was", "≥", "0.9", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moreover", ",", "the", "quantification", "could", "only", "be", "achieved", "for", "the", "most", "abundant", "isomer", "or", "fatty", "acyl", "sum", "composition", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Nevertheless", ",", "these", "pioneering", "studies", "motivated", "the", "lipid", "structural", "annotation", "and", "quantification", "to", "the", "next", "level", "for", "providing", "unequivocal", "structural", "assignment", "of", "lipid", "isomers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "However", ",", "robust", "implementation", "of", "such", "an", "approach", "for", "lipids", "with", "a", "higher", "level", "of", "structural", "elucidation", "requires", "the", "availability", "of", "high-resolution", "IM", "measurements", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "Typically", ",", "sn-position", "isomers", "exhibit", "around", "1", "%", "differences", "in", "CCS", "values", "and", "therefore", "require", "IM", "resolving", "power", "(", "Rp", ")", "over", "100", "for", "separation", "." ]
[ "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O" ]
[ "This", "high", "Rp", "was", "out-of-reach", "in", "previous", "IM-based", "lipidomic", "analyses", ",", "eliminating", "the", "capacity", "for", "any", "of", "these", "former", "methodologies", "to", "accurately", "measure", "and", "predict", "the", "CCS", "values", "of", "lipid", "sn-position", "isomers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid" ]
[ "Recently", ",", "using", "trapped", "ion", "mobility", "spectrometry", "(TIMS)-MS", "with", "Rp", "up", "to", "410", "using", "ultra-low", "scanning", "rate", ",", "Fernandez-Lima", "and", "his", "team", "have", "shown", "the", "potential", "of", "high-resolution", "IM", "in", "discriminating", "phosphatidylcholine", "(", "PC", ")", "sn-isomers", "in", "human", "plasma", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "O" ]
[ "High-resolution", "demultiplexing", "(", "HRdm", ")", "strategy", "was", "first", "reported", "in", "2020", ",", "which", "is", "an", "extended", "Hadamard", "multiplexing", "and", "post-acquisition", "data", "processing", "strategy", "for", "improving", "the", "sensitivity", "and", "resolution", "of", "IM", "measurements", "without", "the", "need", "for", "instrument", "modifications", "." ]
[ "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "past", "four", "years", ",", "a", "series", "of", "isomeric", "biomolecules", "in", "complex", "samples", "were", "investigated", "with", "HRdm", ",", "including", "glycans", ",", "peptides", ",", "metabolites", ",", "and", "oxidized", "lipids", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Protein", "O", "B-Metabolite", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "However", ",", "utilizing", "the", "strategy", "to", "systematically", "separate", "subtle", "yet", "crucial", "structural", "sn-position", "isomers", "of", "GPs", "in", "biological", "samples", "has", "not", "been", "widely", "explored", "in", "existing", "studies", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", "to", "requiring", "high", "IM", "Rp", ",", "large-scale", "GP", "sn-isomer", "distinguishment", "is", "also", "hindered", "by", "insufficient", "commercially", "available", "pure", "lipid", "standards", "with", "determined", "sn-position", ",", "thus", "reducing", "the", "confidence", "of", "empirical", "assignments", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "And", "finally", ",", "even", "though", "predictive", "models", "may", "be", "considered", "a", "worthwhile", "approach", ",", "very", "few", "molecular", "descriptors", "(", "MDs", ")", "in", "common", "simulation", "packages", "reflect", "differences", "of", "GP", "sn-position", "isomers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "This", "limitation", "essentially", "eliminates", "the", "ability", "to", "distinguish", "species", "in", "silico", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "To", "overcome", "these", "challenges", ",", "in", "this", "work", ",", "we", "develop", "a", "high-resolution", "IM-MS-based", "4D", "lipidomics", "strategy", "that", "leverages", "a", "machine", "learning-empowered", "library", "for", "large-scale", ",", "in-depth", "structural", "analysis", "of", "GP", "sn-position", "isomers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O" ]
[ "The", "use", "of", "HRdm", "strategy", "provides", "an", "increase", "of", "drift", "tube", "ion", "mobility", "spectrometry", "(", "DTIMS", ")", "Rp", "from", "∼50", "to", "250", "while", "still", "allowing", "millisecond", "IMS", "separation", "of", "GP", "sn-isomers", "without", "any", "instrumental", "modifications", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "further", "construct", "a", "comprehensive", "experimental", "4D", "GP", "database", "of", "498", "GPs", "identified", "from", "pooled", "mouse", "brain", "lipid", "extracts", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "B-Organism", "B-Tissue", "B-Lipid", "O", "O" ]
[ "These", "empirical", "measurements", "are", "redeployed", "to", "facilitate", "the", "creation", "of", "an", "in-depth", ",", "extended", "4D", "library", "of", "2500", "GPs", "by", "machine", "learning-based", "prediction", "." ]
[ "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O" ]
[ "With", "both", "the", "experimental", "database", "and", "the", "extended", "library", ",", "a", "significantly", "high", "number", "(", ">", "540", ")", "of", "GP", "species", "with", "sn-position", "information", "are", "identified", "and", "quantified", "from", "each", "of", "the", "three", "functional", "brain", "regions", ",", "revealing", "the", "spatial", "and", "temporal", "GP", "alterations", "in", "the", "brains", "of", "wild-type", "(", "WT", ")", "and", "APP/PS1", "AD", "mouse", "model", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "I-Lipid", "O", "B-Assay Type", "I-Assay Type", "I-Assay Type", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Lipid", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "I-Organism Variant", "O" ]